苏牧传媒
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bam2bw

ref：bam2bw,上传ucsc可视化 -

deeptools Installation

conda install -c bioconda deeptools

bamCoverage 转化为bw文件

bamCoverage -b accepted_hits.bam -o SRR2064456.bw

bam2bw_第1张图片

另一种方法：

size=mm10.chr.size

sort -k1,1 -k2,2n OHT1.bedgraph > OHT1.sorted.bedgraph 

bedGraphToBigWig OHT1.sorted.bedgraph $size OHT1.bigwig

bigWigToWig OHT1.bigwig OHT1.wig

下载ref：UCSC工具箱 -

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