qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？

当然，有许多方法可以实现，比如用shell, R, python脚本，或者再简单粗暴点，excel解决，透视表，公式，宏等。自己造轮子总是觉得不怎么踏实，出错咋办。那么，现成的软件有哪些呢，在这里，我抛砖引玉，提出一个曲线救国的方法，使用qiime2的前任qiime1解决，稍微做几步处理即可。如果你有更好的方法，欢迎交流和推荐，我们共同学习的进步！

这里我就从qiime2得出的结果直接开始，参考了生信菜鸟团大神的推文，这个大神的教程以全面著称，推荐学习！

1.导出物种分类信息和置信度

获得taxonomy.tsv，这个文件，其实把qza文件重命名为zip解压，或者qzv可视化文件导出，得到的文件也应该是一样的。

qiime tools export \
   --input-path taxa/taxonmony.qza --output-path taxa

文件是类似这样一个：

Feature ID	Taxon	Confidence
#q2:types	categorical	categorical
OTU_1	k__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__; g__; s__	0.8316610949745203

2.导出 BIOM 表，并加入将物种分类注释信息：

这一步就是处理下表头，让他兼容biom格式。注意，这个sed在mac下命令不能用，暂不确定是什么原因，我是用docker-ubuntu解决的。

#处理表头
sed -i -e '1 s/Feature/#Feature/' -e '1 s/Taxon/taxonomy/' taxa/taxonomy.tsv
#导出otu(feature)表
qiime tools export \
   --input-path deblur_output/table_final.qza \
   --output-path table_exported
#添加物种注释信息
biom add-metadata \
   -i deblur_output_exported/feature-table.biom \
   -o deblur_output_exported/feature-table_w_tax.biom \
   --observation-metadata-fp taxa/taxonomy.tsv \
   --sc-separated taxonomy
#biom转换成txt格式
biom convert \
   -i deblur_output_exported/feature-table_w_tax.biom \
   -o deblur_output_exported/feature-table_w_tax.txt \
   --to-tsv \
   --header-key taxonomy

3.qiime1获利各级分类结果

其实只需要biom格式就好了，唯一不足的是没有把上几级别的分类去除，比如属级别，还包括门纲目科，还不是usearch那种直接就是这个分类的结果。但是根据我的经验，usearch的物种注释结果可能不如qiime2的分类效果好，所以怎样结合这两个方法是个需要解决的问题。

#结果按门、纲、目、科、属五个级别进行分类汇总，对应结果的L2-L6
summarize_taxa.py -i result/otu_table3.biom -o result/sum_taxa # summary each level percentage

好的，我的分享就到这里，期待大家有更好的解决方案。