《R的极客理想——高级开发篇 A》一一2.4 R语言中的遗传算法
本节书摘来华章计算机出版社《R的极客理想——高级开发篇 A》一书中的第1章，第1.节，作者：张丹 更多章节内容可以访问云栖社区“异步社区”公众号查看。
2.4 R语言中的遗传算法
问题
如何用R语言进行遗传算法的计算？
引言
人类总是在生活中摸索规律，把规律总结为经验，再把经验传给后人，让后人发现更多的规律，每一次知识的传递都是一次进化的过程，最终形成了人类的智慧。自然界的规律，让人类适者生存地活了下来，聪明的科学家又把生物进化的规律，总结成遗传算法，扩展到了更广的领域中。本节将带你走进遗传算法的世界。
2.4.1 遗传算法介绍
遗传算法是一种解决最优化的搜索算法，是进化算法的一种。进化算法最初借鉴了达尔文的进化论和孟德尔的遗传学说，从生物进化的一些现象发展起来，这些现象包括遗传、基因突变、自然选择和杂交等。遗传算法通过模仿自然界生物进化机制，发展出了随机全局搜索和优化的方法。它是一种高效、并行、全局搜索的方法，它能在搜索过程中自动获取和积累有关搜索空间的知识，并自适应地控制搜索过程，计算出全局最优解。
遗传算法的操作使用适者生存的原则，在潜在的种群中逐次产生一个近似最优解的方案，在每一代中，根据个体在问题域中的适应度值和从自然遗传学中借鉴来的再造方法进行个体选择，产生一个新的近似解。这个过程会导致种群中个体的进化，得到的新个体比原来个体更能适应环境，就像自然界中的改造一样。
如果从生物进化的角度，我们可以如下理解。在一个种群中，个体数量已经有一定规模，为了进化发展，通过选择和繁殖产生下一代的个体，其中繁殖过程包括交配和突变。根据适者生存的原则，选择过程会根据新个体的适应度进行保留或淘汰，但也不是完全以适应度高低作为导向，如果单纯选择适应度高的个体可能会产生局部最优的种群，而非全局最优，这个种群将不会再进化，称为早熟。之后，通过繁殖过程，让个体两两交配产生下一代新个体，上一代个体中优秀的基因会保留给下一代，而较差的基因将被个体另一半的基因所代替。最后，通过小概率事件发生基因突变，通过突变产生新的下一代个体，实现种群的变异进化。
经过这一系列的选择、交配和突变的过程，产生的新一代个体将不同于初始的一代，并一代一代向增加整体适应度的方向发展，因为最好的个体总是更多地被选择去产生下一代，而适应度低的个体逐渐被淘汰掉。这样的过程不断地重复：每个个体被评价，计算出适应度，两个个体交配，然后突变，产生第三代。周而复始，直到终止条件满足为止。
遗传算法使用需要注意很多问题。
（1）遗传算法在适应度函数选择不当的情况下有可能收敛于局部最优，而不能达到全局最优。
（2）初始种群的数量很重要，如果初始种群数量过多，算法会占用大量系统资源；如果初始种群数量过少，算法很可能忽略掉最优解。
（3）对于每个解，一般根据实际情况进行编码，这样有利于编写变异函数和适应度函数。
（4）在编码过的遗传算法中，每次变异的编码长度也影响到遗传算法的效率。如果变异代码长度过长，变异的多样性会受到限制；如果变异代码过短，变异的效率会非常低下，选择适当的变异长度是提高效率的关键。
（5）变异率是一个重要的参数。
（6）对于动态数据，用遗传算法求最优解比较困难，因为染色体种群很可能过早地收敛，而对以后变化了的数据不再产生变化。对于这个问题，研究者提出了一些方法增加基因的多样性，从而防止过早收敛。其中一种是所谓触发式超级变异，就是当染色体群体的质量下降（彼此的区别减少）时增加变异概率；另一种叫随机外来染色体，是偶尔加入一些全新的随机生成的染色体个体，从而增加染色体多样性。
（7）选择过程很重要，但交叉和变异的重要性存在争议。一种观点认为交叉比变异更重要，因为变异仅仅是保证不丢失某些可能的解；而另一种观点则认为交叉过程的作用只不过是在种群中推广变异过程所造成的更新，对于初期的种群来说，交叉几乎等效于一个非常大的变异率，而这么大的变异很可能影响进化过程。
（8）遗传算法很快就能找到良好的解，即使是在很复杂的解空间中。
（9）遗传算法并不一定总是最好的优化策略，优化问题要具体情况具体分析。所以在使用遗传算法的同时，也可以尝试其他算法，互相补充，甚至根本不用遗传算法。
（10）遗传算法不能解决那些“大海捞针”的问题，所谓“大海捞针”问题就是没有一个确切的适应度函数表征个体好坏的问题，使得算法的进化失去导向。
（11）对于任何一个具体的优化问题，调节遗传算法的参数可能会有利于更好、更快地收敛，这些参数包括个体数目、交叉率和变异率。例如，太大的变异率会导致丢失最优解，而过小的变异率会导致算法过早收敛于局部最优解。对于这些参数的选择，现在还没有实用的上下限。
（12）适应度函数对于算法的速度和效果也很重要。
遗传算法的应用领域包括计算机自动设计、生产调度、电路设计、游戏设计、机器人学习、模糊控制、时间表安排、神经网络训练等。然而，我准备把遗传算法应用到金融领域，比如回测系统的参数寻优方案，我会在《R的极客理想——量化投资篇》中介绍有关金融领域的算法解决方案。
2.4.2 遗传算法原理
在遗传算法里，优化问题的解被称为个体，它表示为一个变量序列，叫做染色体或者基因串。染色体一般被表达为简单的字符串或数字串，也有其他表示法，这一过程称为编码。首先要创建种群，算法随机生成一定数量的个体，有时候也可以人工干预这个过程进行，以提高初始种群的质量。在每一代中，每一个个体都被评价，并通过计算适应度函数得到一个适应度数值。种群中的个体被按照适应度排序，适应度高的在前面。
接下来，是产生下一代个体的种群，通过选择过程和繁殖过程完成。
选择过程是根据新个体的适应度进行的，但同时并不意味着完全的以适应度高低作为导向，因为单纯选择适应度高的个体将可能导致算法快速收敛到局部最优解而非全局最优解，我们称之为早熟。作为折中，遗传算法依据原则：适应度越高，被选择的机会越高，而适应度低的，被选择的机会就低。初始的数据可以通过这样的选择过程组成一个相对优化的群体。
繁殖过程表示被选择的个体进入交配过程，包括交配（crossover）和突变（mutation），交配对应算法中的交叉操作。一般的遗传算法都有一个交配概率，范围一般是0.6～1，这个交配概率反映两个被选中的个体进行交配的概率。例如，交配概率为0.8，则80%的“夫妻”个体会生育后代。每两个个体通过交配产生两个新个体，代替原来的“老”个体，而不交配的个体则保持不变。交配过程，父母的染色体相互交换，从而产生两个新的染色体，第一个个体前半段是父亲的染色体，后半段是母亲的，第二个个体则正好相反。不过这里指的半段并不是真正的一半，分段的位置叫做交配点，也是随机产生的，可以是染色体的任意位置。
突变过程，表示通过突变产生新的下一代个体。一般遗传算法都有一个固定的突变常数，又称为变异概率，通常是0.1或者更小，这代表变异发生的概率。根据这个概率，新个体的染色体随机地突变，通常就是改变染色体的一个字节（0变到1，或者1变到0）。
遗传算法实现将不断地重复这个过程：每个个体被评价，计算出适应度，两个个体交配，然后突变，产生下一代，直到终止条件满足为止。一般终止条件有以下几种：
进化次数限制。
计算耗费的资源限制，如计算时间、计算占用的CPU、内存等。
个体已经满足最优值的条件，即最优值已经找到。
当适应度已经达到饱和，继续进化不会产生适应度更好的个体。
人为干预。
算法实现思路，如图2-16所示。在图2-16中，算法实现过程为：
（1）创建初始种群
（2）循环：产生下一代
（3）评价种群中的个体适应度
（4）定义选择的适应度函数
（5）改变该种群（交配和变异）
（6）返回第二步
（7）满足终止条件结束
2.4.3 R语言中的遗传算法
本节的系统环境是：
Windows 7 64bit
R: 3.1.1 x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
一个典型的遗传算法要求一个基因表示的求解域，以及一个适应度函数来评价解决方案。
遗传算法的参数，通常包括以下几个。
种群规模（Population），即种群中染色体个体的数目。
染色体的基因个数（Size），即变量的数目。
交配概率（Crossover），用于控制交叉计算的使用频率。交叉操作可以加快收敛，使解达到最有希望的最优解区域，因此一般取较大的交叉概率，但交叉概率太高也可能导致过早收敛。
变异概率（Mutation），用于控制变异计算的使用频率，决定了遗传算法的局部搜索能力。
中止条件（Termination），结束的标志。
在R语言中，有一些现成的第三方包已经实现的遗传算法，我们可以直接使用。
mcga包，多变量的遗传算法，用于求解多维函数的最小值，在大范围的搜索空间中，效率非常高。
genalg包，多变量的遗传算法，用于求解多维函数的最小值，提供数据可视化的功能。
rgenoud包，复杂的遗传算法，将遗传算法和衍生的拟牛顿算法结合起来，可以求解复杂函数的最优化化问题。
gaf?it包，利用遗传算法求解一维函数的最小值。不支持R 3.1.1的版本。
GALGO包，利用遗传算法求解多维函数的最优化解。不支持R 3.1.1的版本。
本节将介绍mcga包和genalg包的遗传算法的使用。
1.?mcga包
我们使用mcga包的mcga()函数，可以实现多变量的遗传算法。mcga包是一个遗传算法的工具包，主要解决实值优化的问题。它使用变量值表示基因序列，而不是字节码，因此不需要编解码的处理。mcga实现了遗传算法的交配和突变的操作，并且可以进行大范围和高精度的搜索空间的计算，算法的主要缺点是使用了256位的一元字母表。首先，安装mcga包。
install.packages("mcga")
library(mcga)
查看mcga()函数的定义。
mcga
function (popsize, chsize, crossprob = 1, mutateprob = 0.01, elitism = 1, minval,
maxval, maxiter = 10, evalFunc)其中各参数意义如下：popsize是个体数量，即染色体数目；chsize是基因数量，限参数的数量；crossprob是交配概率，默认为1.0；mutateprob是突变概率，默认为0.01；elitism是精英数量，直接复制到下一代的染色体数目，默认为1；minval是随机生成初始种群的下边界值；maxval是随机生成初始种群的上边界值；maxiter是繁殖次数，即循环次数，默认为10；evalFunc是适应度函数，用于给个体进行评价。
接下来，我们给出一个优化的问题，通过mcga()函数，计算最优化的解。
题目1：设f(x)=(x1-5)2 + (x2-55)2 +(x3-555)2 +(x4-5555)2 +(x5-55555)2，计算f(x)的最小值，其中x1,x2,x3,x4,x5为5个不同的变量。
从直观上看，如果想得到f(x)的最小值，其实当x1=5, x2=55, x3=555, x4=5555, x5=55?555时，f(x)=0为最小值。如果使用穷举法，通过循环的方法找到这5个变量估计会很费时，这里就不做测试了。下面我们看看遗传算法的运行情况。
定义适应度函数
f<-function(x){
return ((x[1]-5)^2 + (x[2]-55)^2 +(x[3]-555)^2 +(x[4]-5555)^2 +(x[5]-55555)^2)
}
运行遗传算法
> m <- mcga( popsize=200,
+ chsize=5,
+ minval=0.0,
+ maxval=999999,
+ maxiter=2500,
+ crossprob=1.0,
+ mutateprob=0.01,
+ evalFunc=f)
最优化的个体结果
> print(m$population[1,])
[1] 5.000317 54.997099 554.999873 5555.003120 55554.218695
# 执行时间
> m$costs[1]
[1] 3.6104556
我们得到的最优化的结果为x1=5.000?317, x2=54.997?099, x3=554.999?873, x4=5555.003?120, x5=55?554.218?695，和我们预期的结果非常接近，而且耗时只有3.6秒。这个结果是非常令人满意的。而如果使用穷举法，时间复杂度为O(n^5)，估计没有5分钟肯定算不出来。
当然，算法执行的时间和精度，都是通过参数进行配置的。如果增大个体数目或循环次数，一方面会增加算法的计算时间，另一方面结果也可能变得更精准。所以，在实际的使用过程中，需要根据一定的经验调整这几个参数。
2.?genalg包
我们使用genalg包的rbga()函数，也可以实现多变量的遗传算法。genalg包不仅实现了遗传算法，还提供了遗传算法的数据可视化，让用户从更直观的角度理解算法。genalg包会生成默认的可视化图，包括每次迭代的最优评价值，表示遗传算法的计算进度。直方图显出了基因选择的频率，即基因在当前个体中被选择的次数。参数图表示评价函数和变量值，非常方便地看到评价函数和变量值的相关关系。
首先，安装genalg包。
> install.packages("genalg")
> library(genalg)
查看rbga()函数的定义。
> rbga(stringMin=c(), stringMax=c(),
suggestions=NULL,
popSize=200, iters=100,
mutationChance=NA,
elitism=NA,
monitorFunc=NULL, evalFunc=NULL,
showSettings=FALSE, verbose=FALSE)
参数说明：
stringMin，设置每个基因的最小值。
stringMax，设置每个基因的最大值。
suggestions，建议染色体的可选列表。
popSize，个体数量，即染色体数目，默认为200。
iters，迭代次数，默认为100。
mutationChance，突变机会，默认为1/(size+1)，它影响收敛速度和搜索空间的探测，低机率导致更快收敛，高机率增加了搜索空间的跨度。
elitism，精英数量，默认为20%，直接复制到下一代的染色体数目。
monitorFunc，监控函数，每产生一代后运行。
evalFunc，适应度函数，用于给个体进行评价。
showSettings，打印设置，默认为false。
verbose，打印算法运行日志，默认为false。
接下来，我们给定一个优化的问题，通过rbga()函数，计算最优化的解。
题目2：设，计算f(x)的最小值，其中x1, x2为2个不同的变量。
从直观上看，如果想得到f(x)的最小值，其实当x1==1.648?721, x2=lnπ=1.144?73时，f(x)=0为最小值。同样，如果使用穷举法，通过循环的方法找到这2个变量，估计会很费时的，我也不做测试了。下面我们看看rbga()函数的遗传算法的运行情况。
定义适应度函数
> f<-function(x){
return (abs(x[1]-sqrt(exp(1)))+abs(x[2]-log(pi)))
}
# 定义监控函数
> monitor <- function(obj){
xlim = c(obj$stringMin[1], obj$stringMax[1]);
ylim = c(obj$stringMin[2], obj$stringMax[2]);
plot(obj$population, xlim=xlim, ylim=ylim, xlab="sqrt(exp(1))", ylab="log(pi)");
}
运行遗传算法
> m2 = rbga(c(1,1),
+ c(3,3),
+ popSize=100,
+ iters=1000,
+ evalFunc=f,
+ mutationChance=0.01,
+ verbose=TRUE,
+ monitorFunc=monitor
+ )
Testing the sanity of parameters...
Not showing GA settings...
Starting with random values in the given domains...
Starting iteration 1
Calucating evaluation values... .......................................... done.
Sending current state to rgba.monitor()...
Creating next generation...
sorting results...
applying elitism...
applying crossover...
applying mutations... 2 mutations applied
Starting iteration 2
Calucating evaluation values... ...................... done.
Sending current state to rgba.monitor()...
Creating next generation...
sorting results...
applying elitism...
applying crossover...
applying mutations... 4 mutations applied
Starting iteration 3
Calucating evaluation values... ....................... done.
省略输出...
程序运行截图，如图2-17所示。
图2-17 rbga()函数的算法执行
需要注意的是，程序在要命令行中运行，如果在RStudio中运行，会出现下面的错误提示。
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'rversion' not found
Graphics error: Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'rversion' not found
我们迭代1000次后，查看计算结果。
计算结果
m2$population[1,]
[1] 1.650571 1.145784
得到的最优化的结果为x1=1.650?571, x2=1.145?784，非常接近最终的结果。另外，我们可以通过genalg包的可视化功能，看到迭代过程的每次的计算结果。下面截图分别对应第1次迭代、第10次迭代、第200次迭代和第1000次迭代的计算结果。从图2-18中可以看出，随着迭代次数的增加，优选出的结果集变得越来越少，而且越来越精准。
除了可以对算法进行可视追踪，rbga包还提供了3个用于分析效果的可视化图表，分别是默认图、直方图和参数图。用R实现默认图的输出，如图2-19所示。
plot(m2)
默认图用于描述遗传过程的进展情况，X轴为迭代次数，Y轴为评价值，评价值越接近于0越好。在迭代1000次后，基本找到了精确的结果。
用R实现直方图输出，如图2-20所示。
plot(m2,type='hist')
图2-18 遗传算法的数据可视化
直方图用于描述对染色体的基因选择频率，即一个基因在染色体中被选择的次数。当变量x1在1.65区域时，被选择超过80次；当变量x2在1.146区域时，被选择超过了80次。通过直方图，我们可以看出更优秀的基因被留给了后代。
用R实现参数图输出，如图2-21所示。
plot(m2,type='vars')
参数图用于描述评价函数和变量的值之间的相关关系。对于变量x1，评价值越小，变量值越准确，能大概看出相关关系，但相关关系不明显。对于x2，看不出相关关系。
图2-21 参数图输出
对比mcga包和genalg包，mcga包适合计算大范围取值空间的最优解，而用genalg包对于大范围取值空间的计算表现就不太好了。从另一个方面讲，genalg包提供了可视化工具，可以让我们直观地看到遗传算法的收敛过程，对于算法的理解和调优是非常有帮助的。
在掌握了遗传算法后，我们就可以快度地处理一些优化的问题了，在《R的极客理想——量化投资篇》中，我会介绍金融回测系统的参数寻优方案。让我们远离穷举法，珍惜CPU的每一秒时间。
本节参考了文章：Wiki遗传算法（http://zh.wikipedia.org/zh/遗传算法）。