学习小组Day3笔记--神经蛙

今天的主要内容

Day3

准备工作：检查服务器中有无压缩软件 bzip2

一般投产的服务器都有，但免费的阿里云并没有

输入 bzip2

• 我的服务器中已经有了，显示

  
  
  

  有bzip2时显示

• 没有的话，输入 yum install -y bzip2 安装

miniconda

最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可

学习Linux一定要抛弃图形界面的思维！Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的只是代码～

下载miniconda

• 鼠标右键复制该网站Linux下的64bit的链接
• 进入昨天建的biosoft目录 cd biosoft
• 下载miniconda wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  注意此时鼠标左键为复制，右键为粘贴

安装miniconda

• 输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 一路 enter并不断输入 yes

  
  
  

  安装miniconda成功

千万记得激活conda

• 输入 source ~/.bashrc
  
  

  conda激活成功

添加镜像

• 一行一行复制粘贴以下代码

(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# # conda config --remove-key channels
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels r
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels conda-forge
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels bioconda
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1.查看当前所有软件列表 conda list

查看所有软件列表

2.搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】

搜索软件

3.安装软件 conda install fastqc -y
【加上-y是自动安装，试了不加-y，后面需要回答 yes】
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

安装软件

如果把软件的名字打错，会显示failed

4.卸载软件 conda remove fastqc -y

卸载软件

5.查看conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)

查看conda环境

目前就一个conda环境

6.建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
【在这里我把文件名输错了，所以又失败了一次】

建立conda环境

再次查看conda环境，conda info --envs

再次查看conda环境

7.卸载一个环境中的软件

• 卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
• 要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除，使用 conda deactivate
• 卸载环境conda remove -n rna-seq --all