MIMIC III（windows安装MIMIC III数据库）
文章目录
- 下载MIMIC-III临床数据库和代码
- 安装PostgreSQL
- 安装7-zip
- 运行SQL Shell（psql）
- 创建数据库以保存数据
- 在数据库中创建表
- 准备将数据加载到表中
- 将数据加载到表中
- 建立索引
- 测试您的构建
官网：https://mimic.physionet.org/
下载MIMIC-III临床数据库和代码
这里是数据库
数据库需要注册学习，才能下载。
数据很大，解压后大约50G。
下载的压缩包：
这里是代码
安装PostgreSQL
PostgreSQL
运行整个安装过程。保留默认设置就行，但是请记下您的postgres密码，因为稍后我们将需要它来登录数据库系统。为了方便起见，推荐选择是保留默认的用户名“ postgres”，并使用密码“ postgres”。
安装7-zip
7-zip
我们选择直接从压缩文件加载数据。
注意：如果您更改了安装路径，请记下它。否则，您的可执行文件路径将是C:\Program Files\7-zip
您可能会问“什么是可执行路径？”。本质上，尽管我们现在在计算机上有该程序，但Windows不知道在哪里寻找它。通常这并不重要，因为我们通过双击文件来运行该程序。但是，对于加载过程，我们需要Windows知道要查找的位置。我们可以通过将文件夹添加到环境PATH变量中来做到这一点。对于7-zip和gzip，此过程相同，尽管如上所述，我们添加的可执行文件路径会有所不同。
- 安装完后，右键点击此电脑，选择属性
- 选择高级系统设置
- 选择环境变量
- 双击Path
- 填入你的7-zip路径
- 一路点击确定，结束
- 测试一下，单击开始菜单，然后键入cmd，然后运行程序cmd。请键入： 7z。此命令应为您提供大量信息。如果显示类似7z not found，需检查路径是否正确。
运行SQL Shell（psql）
启动程序“ SQL shell”。您应该可以在开始菜单中找到它。
您将在SQL Shell上收到许多输入提示：您只需键入“ enter”，无需输入任何内容即可。
用户postgres口令：输入你之前安装过程中设定的密码，推荐是设定的是postgres
创建数据库以保存数据
运行以下命令（注意分号）：
DROP DATABASE IF EXISTS mimic;
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
如果这是您首次安装MIMIC，则“ DROP DATABASE”命令将警告您不存在数据库，这是正常的。
而第二句，这将创建mimic用户拥有的数据库postgres。当然，如果您愿意，也可以更改这些值，**但是请注意，此处所做的任何更改都需要在后续步骤中进行进一步的更改。**所以不推荐更改。
接下来，连接到mimic数据库。
\c mimic;
在数据库中创建表
请注意，默认情况下postgres使用public架构。虽然这是个人喜好，但我们建议创建一个独立的架构来托管数据。为此，请创建mimiciii模式：
CREATE SCHEMA mimiciii;
然后，通知postgres默认情况下应使用该mimiciii架构。每次启动psql时都需要执行此操作。
set search_path to mimiciii;
现在运行创建表脚本（注意：创建表脚本的路径，脚本在下载的mimic代码中）。路径一定要正确，注意路径的分隔符是左下划线‘/’，直接复制的windows路径是右下划线。
\i F:/MIMIC/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql
如果您看到很多“注意：表不存在”，请放心，这很正常。因为该脚本会在创建表之前尝试删除该表。
准备将数据加载到表中
首先，让我们通过运行一些命令来准备加载数据：
\set ON_ERROR_STOP 1
该命令告诉脚本在发生任何错误时停止执行：我们宁愿在发生错误时停止执行，因此我们知道数据库尚未完全加载，即使执行完毕也无法使用。
\set mimic_data_dir 'F:\MIMIC\MIMIC_III\MIMIC_III'
此命令指定包含数据的文件夹。就我而言，我指定了’F:\MIMIC\MIMIC_III\MIMIC_III’。此文件夹包含构成MIMIC的所有CSV文件（压缩或未压缩）。
将数据加载到表中
如果您使用压缩数据文件并安装了7-zip，请运行7-zip加载脚本： \i postgres_load_data_7zip.sql
\i F:/MIMIC/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_load_data_7zip.sql
现在，您应该看到行复制过程已经开始。请注意，这可能需要一些时间，因为整个数据库中几乎有5亿行。典型的加载时间是4-6小时。通常，在打印以下三行后，加载似乎会暂停。
这是可以正常的-第四张表是chartevents，并且是迄今为止最大的表，因此加载时间最长。另请注意，最终第四行将显示为COPY 0，这是正常的：CHARTEVENTS充当多个子表的“映射”表，并且实际上没有数据存储在其中，因此postgres报告插入了0行。查询时，不查询子表chartevents_1，chartevents_2等等，只能查询chartevents自己。
建立索引
加载完成后，建议安装索引以提高对数据库的查询速度。这些可以通过运行以下命令进行安装（同样是需要较长的时间）：
\i F:/MIMIC/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_add_indexes.sql
尽管可以选择使用构建约束，但postgres_add_constraints.sql这些约束主要用于在创建数据期间检查数据完整性-所以无需在本地安装上运行此文件。
测试您的构建
您现在应该可以查询MIMIC-III！请尝试以下简单查询：
select
icustay_id, intime, outtime
from icustays
limit 10;
如果您想验证所有内容是否正确加载，可以运行检查脚本：
\i F:/MIMIC/mimic-code-master/buildmimic/postgres/postgres_checks.sql