学习小组Day3笔记--李蛤

Linux环境下的软件安装

教程

思维导图

• 准备工作

1. 在“终端”中输入ssh root@IP地址进入
2. 输入bzip2检查是否存在,没有的话显示报错
3. 没有的话继续输入yum install -y bzip2,出现complete表示安装完成

• 下载miniconda

1. 复制下载链接
   百度“miniconda”→选择linux 64-bit-python 3.7版本→复制下载链接
2. 登录服务器，输入cd biosoft进入该目录
3. 输入下载链接
   输入wget 下载链接,注意linux中的粘贴为单击鼠标右键,下载链接在此

• 安装miniconda

1. 用bash运行这个安装用的脚本，脚本是刚才下载的
2. 输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,一直敲回车直到yes or no，输入yes，继续敲回车，等待安装结束后输入yes
3. 出现thank you for installing miniconda3表示安装成功

• 激活miniconda

1. 输入source ~/.bashrc
2. 命令行输入conda，出现满屏信息说明成功，出现一行简短的报错说明激活失败，则需要将miniconda目录删除，从“怎么安装miniconda”开始重新安装
   安装帮助：链接 密码iwcd4k

• 添加镜像

把下面的代码一行一行复制到命令行，每次粘贴结束后都需要敲回车

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

• 开始使用conda

1. 输入conda list查看当前所有软件列表
2. 输入conda search fastqc搜索软件,以数据质控软件fastqc为例
3. 输入conda install fastqc -y安装软件,加上-y为自动安装
4. 输入conda remove fastqc -y卸载软件

• 了解conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
办法就是“分身”！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1. 输入conda info --envs查看当前环境，最前面带*的即为默认环境
2. 输入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，目的是建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
3. 输入conda info --envs再次查看conda环境，发现新增rna-seq，但默认环境依旧为base
4. 输入conda activate rna-seq激活新的conda环境，这时默认的*就会转移到rna-seq前面，另外在用户名root前面出现了(rna-seq),接着输入fastqc，如果出现一大段信息说明可以使用

• 如何卸载一个环境中的软件

1. 输入conda remove -n rna-seq fastqc -y卸载环境中的某个软件

2. 输入conda deactivate卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除

3. 输入conda remove -n rna-seq --all卸载环境