学习小组Day3笔记--善良土豆

Linux环境下的软件安装

题外话：纪念一下今天老板突然通知后天例会我来讲一篇nature文章，好爽，但是还好在花花小泽帮助下今天学习内容很快上手完成

思维导一下

Day3.png

今天的学习内容是（来自生信星球）：
linux如何安装软件？
--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
--第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
--第三步，安装和配置miniconda
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

开始

conda等同于App store

准备工作

1.查看自己服务器上是否有bzip2（在linux下输入bzip2，回车就好）
没有的话会显示-bash: bzip2: command not found
那咱就安装

yum install -y bzip2**

2.软件管理Miniconda
最方便快捷的生信分析软件下载器，刷刷刷

conda.png

3.下载miniconda（感谢花花直接提供的链接）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

请耐心等待一会
4.怎么安装下好的miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一路Enter，看到Please answer‘yes’ or ‘no’，请毫不犹豫输入yes，回车，最后安装好后再来一个yes
最后会显示Thank you for installing Miniconda3!恭喜安装成功
5.安装成功后还需要对miniconda做些啥呢
-安装成功后还需激活，在linux下输入source ~/.bashrc来激活conda
-添加镜像

#新手安装不需要remove 所以加了井号。如果曾经添加过国内镜像，需要去掉下一行行首的#再运行第一行。
# conda config --remove-key channels 
   conda config --add channels r 
   conda config --add channels conda-forge 
   conda config --add channels bioconda
   conda config --set show_channel_urls yes

好了，一切准备工作结束，开始玩耍conda
1.查看当前所有软件列表

conda list

2.搜索软件

conda search fastqc ###此处以数据质控软件fastqc为例

3.安装软件

conda install fastqc -y  ###加上-y参数是自动安装)
conda install fastqc=0.11.7 -y ###安装版本

4.卸载软件

 conda remove fastqc -y

5.理解啥叫“conda 环境”--------（来自生信星球）

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1）先查看当前conda有哪些环境

conda info --envs ###前面带*的就是默认的

2）先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3. 创建完之后，再次查看一下conda环境，conda info --envs ，多了一个rna-seq，但默认还是base
   4）激活conda环境

conda activate rna-seq ###这时默认的*就会转移到rna-seq前面

5）卸载一个环境中的软件
---卸载环境中的某个软件

conda remove -n rna-seq fastqc -y

---要卸载环境中的全部软件，需要先退出当前环境再删除

conda deactivate ###退出当前环境

---卸载环境

conda remove  -n rna-seq --all