- Coding and Paper Letter(十四)
G小调的Qing歌
资源整理。1Coding:1.R语言包ungeviz,ggplot2的拓展包,专门用来作不确定性的可视化。ungeviz2.计算机图形学相关开源项目。计算机图形学光线追踪开源项目C++源码。computergraphicsraytracing计算机图形学格网开源项目C++源码。computergraphicsmeshes计算机图形学介绍开源项目。computergraphics3.R语言包GLMM
- r语言做绘制精美pcoa图_R语言高级绘图 — ggplot2
weixin_39560002
r语言做绘制精美pcoa图
2)PCA的作图PCA主成分分析,可以将高维数据进行降维处理。我们的OTU表格就是典型的高维数据,可以对其进行降维处理得到主成分PC1和PC2,然后将所有样品都分解到这两个成分方向,进行散点绘图,可以直观的看出样品间的差异。首先需要一系列的统计处理,然后用ggplot2进行绘图,过程如下:#加载需要的三个包(需要先下载,再加载)>library(ade4)>library(ggplot2)>lib
- 跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图
小明的数据分析笔记本
论文Pan-Africangenomedemonstrateshowpopulation-specificgenomegraphsimprovehigh-throughputsequencingdataanalysishttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3本地pdfs41467-022-31724-3.pdf论文中公布了大部分图的数据,
- ggplot2绘制环状聚类热图
钿璎纍纍佩珊珊
本文是要把昨天画的聚类热图给“掰弯”,gene<-read.csv(file="clipboard",header=T,sep="\t",check.names=F)#读入数据row.names(gene)<-letters#添加上基因名,如果直接有基因名,则省去这一步gg<-hclust(dist(gene))#行聚类zz<-hclust(dist(t(gene)))#列聚类gene<-gene
- ggplot2批量生成图片并组合图片
钿璎纍纍佩珊珊
当我们获得多因素的原始数据的时候,就会根据不同的因素来绘制多组一样的图片。一个一个画当然也行,不过很累,这里,我来使用ggplot2批量生成一个类型的图片,并将他们拼接在一起。这是某次血常规的数据(经过了修改),将数据整理成下面这种形式:分组情况如下:library(rio)library(ggplot2)library(patchwork)rawdata0.05",size=6)+theme(p
- R语言绘制热图
小潘的生信笔记
R语言r语言开发语言1024程序员节
运用R语言绘制热图本文主要讲述绘制热图的两种方式,分别为利用pheatmap包和ggplot2包目录运用R语言绘制热图一、热图概念二、热图绘制方法1.利用pheatmap包2.利用ggplot2包一、概念热图是一种很常见的图,其基本原则是用颜色代表数字,让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基因的表达差异、不同样品组代表性化合物的含量差异、不同样品之间的两两相似性。二、绘制方法1
- R语言绘制相关性热图
qq_27390023
r语言
1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图###1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图rm(list=ls())head(mtcars[,1:6])#查看前六行六列cormtcars%#将矩阵转换成数据框 mutate(x=rownames(cormtcars))%>% #新建一列x,是11种属性变量 melt(id='x')%>% #将宽数据转换成长数据,更适
- 利用R语言绘制相关性热图
陆小吉1212
r语言python开发语言
数据示例(归一化处理后):install.packages("corrplot")install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr")library(corrplot)install.packages("GGally")library(GGally)library(ggplot2)library(ggpubr)library(readxl)#读
- R可视化之美之科研绘图-15.克利夫兰点图、棒棒糖图、哑铃图
科研私家菜
本内容为【科研私家菜】R可视化之美之科研绘图系列课程快来收藏关注【科研私家菜】01棒棒糖图library(ggplot2)library(reshape2)mydata<-read.csv("第3章_类别比较型图表/DotPlots_Data.csv",sep=",",na.strings="NA",stringsAsFactors=FALSE)mydata$sum<-rowSums(mydata
- 跟着Nature学作图:R语言ggplot2频率分布直方图
小明的数据分析笔记本
论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码,但是找到了部分组图数据,我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2c频率分布直
- ggplot2不能截断纵坐标肿么办
小洁忘了怎么分身
需求昨晚讲到绘图,学员提出需求绘制类似这样的图,引起了我的兴趣:第一组的纵坐标与其他组相差较大,需要截断。R语言实现数据和原图dfWarning:Removed1rowscontainingmissingvalues(position_stack).library(ggplot2)ggplot()+aes(x=b,y=a,fill=b)+geom_col(data=df%>%mutate(subs
- R语言ggplot2绘图拟合曲线的置信区间边框变成虚线
小明的数据分析笔记本
https://stackoverflow.com/questions/57988682/how-to-remove-filled-area-on-se-when-plot-geom-smooth-in-ggplot2library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,mapping=aes(x=wt,y=mpg))+geom_point(size=2)+geom_smooth(
- R如何将表格作为注释添加到图形中
R语言与SPSS学习笔记
如果您想将表格放在图形的内部,可以使用annotation_custom()函数将表格作为图形的注释添加到ggplot图形中。以下是示例代码:library(ggplot2)library(gridExtra)library(kableExtra)library(dplyr)#创建一个示例的ggplot图形plot1%kable()%>%kable_styling(bootstrap_option
- R语言的ggplot2画图去掉图例的灰色背景
小明的数据分析笔记本
R语言默认的图例如下library(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+geom_point(aes(color=Species))image.png图例的位置是带灰色背景的如果要去掉应该如何实现呢?可以在主题函数里进行设置image.pnglibrary(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Le
- 跟着BMC genomics学作图:R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图
小明的数据分析笔记本
image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法,今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树,热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件image.png加载用到的R包library(ggtree)library(treeio)library(readxl)library(ggplot2)library(tidyve
- 利用ggplot2制作金字塔图,展示人口结构数据
普癌新声
人口金字塔图是描述一个地区或国家人口结构类型的常用图示方式,今天我们介绍一下如何利用R语言制作金字塔图,快来看看如何作金字塔图吧!什么是人口金字塔图?人口金字塔是用类似古埃及金字塔的形象描绘人口年龄和性别分布状况的图形。能表明人口现状及其发展类型,比如看一个地区或国家的人口结构类型是扩展型、稳定型或者收缩型。图形的画法是:按男女人口年龄自然顺序自下而上在纵轴左右画成并列的横条柱,各条柱代表各个年龄
- 跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2散点图及添加文字标签
小明的数据分析笔记本
论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.c
- 跟着Cell Research学单细胞分析:以小提琴图、热图为例
TOP生物信息
最终可以得到这样的图:跟风写个标题,原视频在B站,搜标题即可看到(UP主:TOP菌)。如果你对视频中的内容有不清楚/不认同的地方,欢迎在评论区留言讨论。涉及到的知识点包括且不限于:小提琴图,添加均值标记,拼图ggplot2绘制聚类热图,数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图,分组统计
- R语言泡泡图— —小泡泡如何变大泡泡?
赵玉鑫0507
我们使用R绘制泡泡图时,可能会遇到这样一种情况,即count点太小,但又不知道应该如何调大,如下图:图1泡泡图附代码:library(ggplot2)pathway=read.csv("1KEGG.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE)p=ggplot(pathway,aes(Pvalue,pathway))p=p+geom_point()p
- ggplot2:方差分析多重比较标注显著字母
周运来就是我
赖江山老师在科学网分享了FrancoisGillet编写的两个方差分析多重比较的函数boxplert()和boxplerk()【来源NumericalEcologywithR(secondEdition)】我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的,作为一个ggplot2的爱好者自己尝试着用ggplot2把函数boxplert()重新写了一下。在重写的过程中收获几个问题:X轴如何按照给定的数
- ggplot2—x,y 轴置于图中间
吴十三和小可爱的札记
简介ggplot2的默认x,y轴置于图片左边缘和下边缘,但有时候需要将原点(0,0)放置于图片正中,便于展示数据的象限信息。另外,自己设置的x,y轴,由于坐标轴有geom_segment()和geom_text()函数构成,则坐标轴的标签文字可以根据geom_text函数进行个性化设置,可以根据颜色,字体,分组,大小等参数进行映射。函数主体函数主体来自center-x-and-y-axis-wit
- 跟着ISEM学作图:R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图
小明的数据分析笔记本
论文Conservedandreproduciblebacterialcommunitiesassociatewithextraradicalhyphaeofarbuscularmycorrhizalfungiimage.png今天的推文我们来重复一下论文中的Figure2image.png没有找到论文提供的原始数据,这里数据我自己构造一份首先是左侧的进化树文件(((A8:0.9735669859
- R语言可视化学习笔记之ggridges包
生信宝典
R生物信息生物信息可视化
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了!!ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|置换序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色)简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视化。具有十分好的效
- R语言ggplot2:第九章 数据操作
王叽叽的小心情
第9章数据操作9.1plyr包简介plyr包中的ddply()函数能够同时在数据的多个子集上做统计汇总。ddply(.data,.variables,.fun,...):data是用来作图的数据,variables是对数据取子集的分组变量,fun是要在各子集上运行的统计汇总函数。subset()用来对数据取子集的函数,选择数据中前n个(x%)个观测值,或者再某个阈值之上或下的观测值。transfo
- 2.R运行前准备——代码
denghb001
代码在刚开始时,你可能一直在使用控制台来运行代码。这是一个很好的起点,但是当您创建更复杂的ggplot2图形和dplyr管道时,您会发现它很快就会变得狭窄。为了给自己更多的工作空间,最好使用Rstudio脚本编辑器。通过单击“文件”菜单,然后选择“新建文件”,然后选择“R脚本”或使用键盘快捷键Cmd/Ctrl+Shift+N来打开它。现在您将看到四个窗口:image脚本编辑器是放置您运行代码的好地
- ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用
斗战胜佛oh
开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作,工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析,简单的可视化还好,有ggplot2就行了。然而,微生物组学数据分析中往往需要将相关的外部数据信息与进化树或者是物种层级树联系起来才能更好展示并解析相关结果,而对于这样的操作来说,目前的很多工具基本都难以使用,除了ggtree。因为该软件包继承了ggplot2
- 跟着Nature Genetics 学画图:R语言ggplot2一次性画好多个饼状图
小明的数据分析笔记本
今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b,很多个饼状图放到一起image.png最基本的想法就是单独画好多个饼状图,然后通过拼图实现,但是因为之前重复
- Python数据可视化库之ggplot使用详解
Rocky006
信息可视化python数据分析
概要数据可视化是数据分析和数据沟通的关键部分。Python作为一门强大的数据科学和数据分析工具,提供了多种数据可视化库,其中之一就是ggplot。ggplot是一个基于ggplot2的Python数据可视化库,它可以创建精美且高度可定制的图表,以更好地理解和传达数据。本文将深入探讨Pythonggplot的使用方法,包括如何创建各种类型的图表、自定义图表外观和风格、添加标签和注释以及高级数据可视化
- 基因家族分析(4):基因家族蛋白质模体鉴定与可视化
逐鸿
本文主要工作使用meme鉴定了SBT家族的蛋白质模体组成对meme鉴定结果进行处理并用ggplot2进行可视化4.蛋白质与基因结构可视化分析4.1蛋白质模体预测ProteinMotif这个概念比较混乱,需要在这里特别说明。在生物化学中,一个比较清晰的英文定义是这样给出的:”Proteinmotifsaresmallregionsofproteinthree-dimensionalstructure
- RNA-seq-Li
bred
李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff,ifelse(DEG$log2FoldChange>log2FoldChange_cutoff,'UP','DOWN'),'NOT'))#this_tilelog2Fold
- ASM系列四 利用Method 组件动态注入方法逻辑
lijingyao8206
字节码技术jvmAOP动态代理ASM
这篇继续结合例子来深入了解下Method组件动态变更方法字节码的实现。通过前面一篇,知道ClassVisitor 的visitMethod()方法可以返回一个MethodVisitor的实例。那么我们也基本可以知道,同ClassVisitor改变类成员一样,MethodVIsistor如果需要改变方法成员,注入逻辑,也可以
- java编程思想 --内部类
百合不是茶
java内部类匿名内部类
内部类;了解外部类 并能与之通信 内部类写出来的代码更加整洁与优雅
1,内部类的创建 内部类是创建在类中的
package com.wj.InsideClass;
/*
* 内部类的创建
*/
public class CreateInsideClass {
public CreateInsideClass(
- web.xml报错
crabdave
web.xml
web.xml报错
The content of element type "web-app" must match "(icon?,display-
name?,description?,distributable?,context-param*,filter*,filter-mapping*,listener*,servlet*,s
- 泛型类的自定义
麦田的设计者
javaandroid泛型
为什么要定义泛型类,当类中要操作的引用数据类型不确定的时候。
采用泛型类,完成扩展。
例如有一个学生类
Student{
Student(){
System.out.println("I'm a student.....");
}
}
有一个老师类
- CSS清除浮动的4中方法
IT独行者
JavaScriptUIcss
清除浮动这个问题,做前端的应该再熟悉不过了,咱是个新人,所以还是记个笔记,做个积累,努力学习向大神靠近。CSS清除浮动的方法网上一搜,大概有N多种,用过几种,说下个人感受。
1、结尾处加空div标签 clear:both 1 2 3 4
.div
1
{
background
:
#000080
;
border
:
1px
s
- Cygwin使用windows的jdk 配置方法
_wy_
jdkwindowscygwin
1.[vim /etc/profile]
JAVA_HOME="/cgydrive/d/Java/jdk1.6.0_43" (windows下jdk路径为D:\Java\jdk1.6.0_43)
PATH="$JAVA_HOME/bin:${PATH}"
CLAS
- linux下安装maven
无量
mavenlinux安装
Linux下安装maven(转) 1.首先到Maven官网
下载安装文件,目前最新版本为3.0.3,下载文件为
apache-maven-3.0.3-bin.tar.gz,下载可以使用wget命令;
2.进入下载文件夹,找到下载的文件,运行如下命令解压
tar -xvf apache-maven-2.2.1-bin.tar.gz
解压后的文件夹
- tomcat的https 配置,syslog-ng配置
aichenglong
tomcathttp跳转到httpssyslong-ng配置syslog配置
1) tomcat配置https,以及http自动跳转到https的配置
1)TOMCAT_HOME目录下生成密钥(keytool是jdk中的命令)
keytool -genkey -alias tomcat -keyalg RSA -keypass changeit -storepass changeit
- 关于领号活动总结
alafqq
活动
关于某彩票活动的总结
具体需求,每个用户进活动页面,领取一个号码,1000中的一个;
活动要求
1,随机性,一定要有随机性;
2,最少中奖概率,如果注数为3200注,则最多中4注
3,效率问题,(不能每个人来都产生一个随机数,这样效率不高);
4,支持断电(仍然从下一个开始),重启服务;(存数据库有点大材小用,因此不能存放在数据库)
解决方案
1,事先产生随机数1000个,并打
- java数据结构 冒泡排序的遍历与排序
百合不是茶
java
java的冒泡排序是一种简单的排序规则
冒泡排序的原理:
比较两个相邻的数,首先将最大的排在第一个,第二次比较第二个 ,此后一样;
针对所有的元素重复以上的步骤,除了最后一个
例题;将int array[]
- JS检查输入框输入的是否是数字的一种校验方法
bijian1013
js
如下是JS检查输入框输入的是否是数字的一种校验方法:
<form method=post target="_blank">
数字:<input type="text" name=num onkeypress="checkNum(this.form)"><br>
</form>
- Test注解的两个属性:expected和timeout
bijian1013
javaJUnitexpectedtimeout
JUnit4:Test文档中的解释:
The Test annotation supports two optional parameters.
The first, expected, declares that a test method should throw an exception.
If it doesn't throw an exception or if it
- [Gson二]继承关系的POJO的反序列化
bit1129
POJO
父类
package inheritance.test2;
import java.util.Map;
public class Model {
private String field1;
private String field2;
private Map<String, String> infoMap
- 【Spark八十四】Spark零碎知识点记录
bit1129
spark
1. ShuffleMapTask的shuffle数据在什么地方记录到MapOutputTracker中的
ShuffleMapTask的runTask方法负责写数据到shuffle map文件中。当任务执行完成成功,DAGScheduler会收到通知,在DAGScheduler的handleTaskCompletion方法中完成记录到MapOutputTracker中
- WAS各种脚本作用大全
ronin47
WAS 脚本
http://www.ibm.com/developerworks/cn/websphere/library/samples/SampleScripts.html
无意中,在WAS官网上发现的各种脚本作用,感觉很有作用,先与各位分享一下
获取下载
这些示例 jacl 和 Jython 脚本可用于在 WebSphere Application Server 的不同版本中自
- java-12.求 1+2+3+..n不能使用乘除法、 for 、 while 、 if 、 else 、 switch 、 case 等关键字以及条件判断语句
bylijinnan
switch
借鉴网上的思路,用java实现:
public class NoIfWhile {
/**
* @param args
*
* find x=1+2+3+....n
*/
public static void main(String[] args) {
int n=10;
int re=find(n);
System.o
- Netty源码学习-ObjectEncoder和ObjectDecoder
bylijinnan
javanetty
Netty中传递对象的思路很直观:
Netty中数据的传递是基于ChannelBuffer(也就是byte[]);
那把对象序列化为字节流,就可以在Netty中传递对象了
相应的从ChannelBuffer恢复对象,就是反序列化的过程
Netty已经封装好ObjectEncoder和ObjectDecoder
先看ObjectEncoder
ObjectEncoder是往外发送
- spring 定时任务中cronExpression表达式含义
chicony
cronExpression
一个cron表达式有6个必选的元素和一个可选的元素,各个元素之间是以空格分隔的,从左至右,这些元素的含义如下表所示:
代表含义 是否必须 允许的取值范围 &nb
- Nutz配置Jndi
ctrain
JNDI
1、使用JNDI获取指定资源:
var ioc = {
dao : {
type :"org.nutz.dao.impl.NutDao",
args : [ {jndi :"jdbc/dataSource"} ]
}
}
以上方法,仅需要在容器中配置好数据源,注入到NutDao即可.
- 解决 /bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory
daizj
shell
在Linux中执行.sh脚本,异常/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory。
分析:这是不同系统编码格式引起的:在windows系统中编辑的.sh文件可能有不可见字符,所以在Linux系统下执行会报以上异常信息。
解决:
1)在windows下转换:
利用一些编辑器如UltraEdit或EditPlus等工具
- [转]for 循环为何可恨?
dcj3sjt126com
程序员读书
Java的闭包(Closure)特征最近成为了一个热门话题。 一些精英正在起草一份议案,要在Java将来的版本中加入闭包特征。 然而,提议中的闭包语法以及语言上的这种扩充受到了众多Java程序员的猛烈抨击。
不久前,出版过数十本编程书籍的大作家Elliotte Rusty Harold发表了对Java中闭包的价值的质疑。 尤其是他问道“for 循环为何可恨?”[http://ju
- Android实用小技巧
dcj3sjt126com
android
1、去掉所有Activity界面的标题栏
修改AndroidManifest.xml 在application 标签中添加android:theme="@android:style/Theme.NoTitleBar"
2、去掉所有Activity界面的TitleBar 和StatusBar
修改AndroidManifes
- Oracle 复习笔记之序列
eksliang
Oracle 序列sequenceOracle sequence
转载请出自出处:http://eksliang.iteye.com/blog/2098859
1.序列的作用
序列是用于生成唯一、连续序号的对象
一般用序列来充当数据库表的主键值
2.创建序列语法如下:
create sequence s_emp
start with 1 --开始值
increment by 1 --増长值
maxval
- 有“品”的程序员
gongmeitao
工作
完美程序员的10种品质
完美程序员的每种品质都有一个范围,这个范围取决于具体的问题和背景。没有能解决所有问题的
完美程序员(至少在我们这个星球上),并且对于特定问题,完美程序员应该具有以下品质:
1. 才智非凡- 能够理解问题、能够用清晰可读的代码翻译并表达想法、善于分析并且逻辑思维能力强
(范围:用简单方式解决复杂问题)
- 使用KeleyiSQLHelper类进行分页查询
hvt
sql.netC#asp.nethovertree
本文适用于sql server单主键表或者视图进行分页查询,支持多字段排序。KeleyiSQLHelper类的最新代码请到http://hovertree.codeplex.com/SourceControl/latest下载整个解决方案源代码查看。或者直接在线查看类的代码:http://hovertree.codeplex.com/SourceControl/latest#HoverTree.D
- SVG 教程 (三)圆形,椭圆,直线
天梯梦
svg
SVG <circle> SVG 圆形 - <circle>
<circle> 标签可用来创建一个圆:
下面是SVG代码:
<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" version="1.1">
<circle cx="100" c
- 链表栈
luyulong
java数据结构
public class Node {
private Object object;
private Node next;
public Node() {
this.next = null;
this.object = null;
}
public Object getObject() {
return object;
}
public
- 基础数据结构和算法十:2-3 search tree
sunwinner
Algorithm2-3 search tree
Binary search tree works well for a wide variety of applications, but they have poor worst-case performance. Now we introduce a type of binary search tree where costs are guaranteed to be loga
- spring配置定时任务
stunizhengjia
springtimer
最近因工作的需要,用到了spring的定时任务的功能,觉得spring还是很智能化的,只需要配置一下配置文件就可以了,在此记录一下,以便以后用到:
//------------------------定时任务调用的方法------------------------------
/**
* 存储过程定时器
*/
publi
- ITeye 8月技术图书有奖试读获奖名单公布
ITeye管理员
活动
ITeye携手博文视点举办的8月技术图书有奖试读活动已圆满结束,非常感谢广大用户对本次活动的关注与参与。
8月试读活动回顾:
http://webmaster.iteye.com/blog/2102830
本次技术图书试读活动的优秀奖获奖名单及相应作品如下(优秀文章有很多,但名额有限,没获奖并不代表不优秀):
《跨终端Web》
gleams:http