Magento 2 是全新版本的 Magento, 全新的架构令其代码上不兼容于过去版本，关于Magento 1 和Magento 2之间的选择我们的建议如下：已在Magento 1 有网站的商家建议留在Magento1, 升级至1.9CE. 新建网站, 如果订制部分较少或者预算较充裕的情况下使用Magento 2.1 CE，否则也可先在Magento 1.9 CE 上建站。Magento二次开发告诉你是选择Magento 1 还是 Magento 2?
具体原因如下述分析：
Magento 2 可以说是之前版本的进化版，从功能、用户体验、性能、软件架构上都有所改进, 比如checkout的流程算是不错的提升。但是人们对于Magento 2 还存在误区，其中最大的一点是认为架构的优化能令开发成本变小。而结合我们团队在2016年三个2.0 EE 和一个 2.1 CE 的经验, 事实上正好相反。Magento 2 的开发难度更大，门槛也更高。
Magento 2代码架构基于更先进的软件工程体系建立，但亦因此令框构整体变得更复杂一些。这些变更好处是令Magento 2 的可扩展性更高但缺点是令开发成本也相应增加。市面上的Magento 第三方插件，同一功能，Magento 2 的比Magento 1 的贵上一半到一倍恰好说明了这个道理。
基于Magento 1 和2 架构上的巨大不同，我建议用Magento 1的店家暂时停留于Magento 1, 对于功能而言，Magento 1有大量插件可用，甚至有部分插件仍未出现在Magento 2版本，大可不必为功能而升级。而性能方面Magento 1也可以透过其他方面优化而不致于一定要升级到Magento 2。Magento 1网站中的自定制越多，升级将越复杂, 工作量也会更大。
虽然Magento 1上可替代2的方案仍很多，但长远而言，Magento 2必然会替代掉Magento 1 ，Magento 公司已停止Magento 1 的更新，亦不再建议商家使用Magento 1 新建网站，这也是为什么我们会建议合适的客户开始使用Magento 2.1 CE 。因为 Magento 2 的社区支持将会越来越多。如果现在考虑建站, 选择Magento2长期来看应该是会更合适.