BioLite-加载程序包

今天在加载BiDAG这个包时,不断出现以下报错:

Warning message:
package ‘RBGL’ is not available (for R version 3.5.1)

于是去网上查了解决方案,copy了以下代码:

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("graph")
> library("graph")

问题果然很好的解决了。

但一开始看到这个代码的时候,内心有点懵逼,前几天下载bioconductor包的时候用过biocLIte这个代码啊,难道这不是生信分析工具下载的专属代码吗?

于是百度了这个代码,,发现很多人都用这个下包啊,好吧我孤陋寡闻了。但这个东西和install.packages有什么区别呢?help了一下,看到以下介绍。

Installation of Bioconductor and CRAN packages use R’s standard
functions for library management – install.packages(),
available.packages(), update.packages(). Installation of github
packages uses the install_github() function from the remotes package. For this reason it usually makes sense, when complicated installation options are needed, to invoke biocLite() separately for Bioconductor / CRAN packages and for github packages.

Setting BIOCINSTALLER_ONLINE_DCF to FALSE can speed package loading when internet access is slow or non-existent, but may result in out-of-date information about the current release and development versions of Bioconductor.

果然biocLite一定程度上是为bioconductor量身定制的,但具体的用法还要慢慢摸索吧。

PS:现在还是不知道为什么一开始用install.packages会报错,不过修正后的第一行代码选了中科大的镜像:)难道一开始的报错和镜像选择有关系???

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