R Markdown

R Markdown简介

markdown百度百科
“Markdown是一种可以使用普通文本编辑器编写的标记语言，通过简单的标记语法，它可以使普通文本内容具有一定的格式。”

R markdown就是markdown + R code。
它可以：1）保存和执行代码；2）生成可以分享的报告；
总的来说R Markdown用来将你的数据和R语言的分析过程和结果转化为文档报告，并且分享给别人。更重要的一点是R Markdown让你的分析过程具有可重现性。就是别人拿到了你的R Markdown文件，可以执行这个文件，看到和你一样的分析过程和结果。

非常有用的Rstudio R Markdown学习网址 https://rmarkdown.rstudio.com/index.html

R Markdown 安装

R Markdown的package是rmarkdown。

install.packages("rmarkdown")

我们可以看看安装rmarkdown命令的结果，看看会安装什么其他的包：

程序包‘highr’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘markdown’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘knitr’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘yaml’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘evaluate’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘base64enc’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘tinytex’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘xfun’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘rmarkdown’打开成功，MD5和检查也通过

R Markdown demo

我们先来看看rmarkdown的help文档吧。help(package="rmarkdown")

pandoc错误

我们来试试rmakrdown里面的第一个例子。R markdown文件，是一个以.Rmd为后缀名的文本文件。但是当我运行的时候，报错了。

> render("input.Rmd")
错误: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).

搜索了一下，应该是pandoc是RStudio默认安装的，一般用户也是在RStudio里面使用R Markdown。我是在R GUI里面用的，所以找不到pandoc。我打算先安装一个pandoc试试。pandoc下载地址
安装完pandoc之后重新启动R GUI问题就解决了。

demo

大家可以看到一个简单的R Markdown文件被执行后，生成了一个first.html页面。也就是下面图上右边的。RStudio会有更好的用户体验，我今天先在R GUI试试水。

R Markdown文件组成

R Markdown文件里面大致可以分为三块：

1. 普通报告文字
2. Markdown语法
3. R code
   经常使用Git或者其他markdown的会很熟悉markdown语法。截图里面是一个链接的语法。
   

R code

在R markdown里面, R code会被嵌入在一个片段。可以在上面的截图看到。这里面要提到的是，R嵌入的代码片段有几个很重要的设置，会影响R markdown的生成。
include=FALSE，是指R code和结果都不会在报告里面显示。但是code还是会被执行，code执行的结果后面code也可以使用。
echo=FALSE，是指R code不显示，但是执行结果会被显示在报告里面。这个很适用于画图的code。

R Markdown输出格式

在上面的执行过程中，我们一直输出html格式的报告。

render("first.Rmd", "html_document")

报告的格式可以通过render函数的参数output_format指定。它可以指定为：
html_document
pdf_document
word_document