cytoscape安装及使用-1

1. JAVA：cytoscape的安装使用建立在JAVA的基础上，先安装JAVA8：https://www.java.com/zh_CN/。
2. 下载cytoscape，http://cytoscape.org/，建议下载，若无法下载戳百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1IFciaWf8hZVizSYkz1tduQ
   提取码：wypa）。安装cytoscape时可顺便下载JAVA。
3. 现在使用cytoscape绘制两水平的数据之间的相关性。举例菌群OTU水平与环境因子水平的网络关系图。
4. 结果如图
5. 表格设置：OTU表格（列为OTU名称或编号，横为样品名，表示样品对应的OTU的含量）。
6. 
7. 环境因子表格（同OTU表格，横为样品名称，列为样品所在环境因子的含量）。
8. 打开Cytoscape，进入app-app manage-插入插件（CoNet和CytoCluster）。
9. 
   10.
   打开conet， 打开data menu，select file上传文件（OTU table）
   
   进入metadata and features，设置文件类型、特征与环境因子；勾选lineages taxa世系分类，排除parent-children关系。
   
   导入环境因子信息（Features-select file）；
   
10. 对数据进行预处理及过滤processing and filter menu。
11. 一般在methods和standization进行数据过滤和数据标准化。
    
12. 进行关系计算-methods menu（选择相关性和相似性的计算方法）。
13. 
14. 阈值设定automatic threshold setting，设定边的数量。
    15.
15. 数据显著性P值大小设置Randomization menu及保存文件设置。
16. 
17. 设置完毕后关闭页面，点击Go进行绘图，需要等待一段时间。
18. 有158个点和974个边，得到初始形状。