cytoscape作图难？10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程！

科研小伙伴们，如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析，那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE，安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了，不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合MENA网站进行相关性分析的cytoscape操作教程，如果想我继续发布其他内容请多多点赞，我看到会很高兴哒！因为自己也很咸鱼，懒散发布文章都是看自己最近学到什么新技巧记录下来，顺便能帮助到各位解决难题。

结果如下：
黄色的圆圈表示OTU，蓝色的线表示负相关的OTU，红色的线表示正相关的OTU。

进入正题：

1. 在这里抛出MENA网站的链接：[MENA]****(http://ieg4.rccc.ou.edu/mena/)，这个网站免费使用，但有个小小的问题：每个月有几天会打不开（可以耐心多等待几天）。

2. 网站页面：
   

3. 注册及登录：
   
   

4. 完成注册，进行登录。
   

5. 主页面有各功能划分：

6. 先下载网站内部的案例数据格式，包括上传文档的横列 纵列抬头安排：
   

7. 举例如右下角的格式：
   

8. 上传数据注意事项：文中不能出现数值0，用blank空格键代替等。
   

9. 上传文件后注意是“文档（间隔符）txt”格式，然后给自己的文档再起个名字，方便网站识别。
   

10. 正在计算。
    

11. 计算成功，选择网络构建。
    

12. 选择构建的文件。
    

13. 进行网络分析参数设置（数据过滤、功能性计算和RMT参数设置，这里对RMT计算过程感兴趣的小伙伴自己去了解）。
    

14. 开始进行计算。
    

15. 计算结果展示。
    

16. 回到主页进行网络分析。
    

17. 网络特征分析。
    

18. 选择文件。
    

19. 网络特征结果（红色勾勾表示较重要的信息）。
    

20. 点线分析及结果。
    
    

21. 模块分析及结果。
    
    
    

22. 网站结果可视化-1。
    
    
    图片另存为即可保存，简单粗暴的网站图示，
    emmmm，大概只能用“巨丑”二字形容。
    我们接下来选择用cytoscape来制作高大上图片！

23. 可视化-2。
    

24. 保存相关文档，打开cytoscape。
    

25. 导入数据（sif格式那个）。
    
    
    
    
    
    完成！这时候还可以继续修改点和线直到自己满意为止！这里我粗略展示优化过的图片。