群体遗传学--Fst指数

群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数。

Fst指数,由F统计量演变而来。F统计量(FIS,FIF,FST)主要有三种。

Fst是针对一对等位基因,如果基因座上存在复等位基因,则需要用Gst衡量,

基因差异分化系数(gene differentiation coefficient,Gst)。

假定有s个地方群体,第k个地方群体相对大小为wk,第k个地方群体

中第i个等位基因频率为qk(i),杂合体频率观察值为hk,那么整个群体

中观察到的杂合体频率平均值HI,地方群体为理想群体的期望杂合

体频率平均值HS,整个群体为理想群体的期望杂合体频率HT,分别

为:


FIS,是HI相对于HS减少量的比值,即地方群体的平均近交系数。


FST,是HS相对于HT减少量的比值,即有亲缘关系地方群体间的平均近交系数。

群体遗传学--Fst指数_第1张图片

FIT,是HI相对于HT减少量的比值,即整个群体的平均近交系数。


可见,三者在数量上的关系为:


从配子间亲缘关系角度分析,FST和FIT分别相当于地方群体和整个群体中携带的
一对等位基因是同源的概率,而FST是从两个地方群体中任意抽取的两个配子是
同源的概率。从两个地方群体中任意抽取的两个配子是同源的概率大,表明两
个地方群体的遗传组成相似,分化程度低;反义,分化程度高。

FST取值范围[0,1],最大值为1,表明等位基因在各地方群体中固定,完全分化;
最小值为0,意味着不同地方群体遗传结构完全一致,群体间没有分化。


Wright建议,实际研究中,FST为0~0.05:群体间遗传分化很小,可以不考虑;
FST为0.05~0.15,群体间存在中等程度的遗传分化;
FST为0.15~0.25,群体间遗传分化较大;
FST为0.25以上,群体间有很大的遗传分化。




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