群体遗传学--Fst指数

群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常用的就是Fst指数。

Fst指数，由F统计量演变而来。F统计量（FIS，FIF，FST）主要有三种。

Fst是针对一对等位基因，如果基因座上存在复等位基因，则需要用Gst衡量，

基因差异分化系数（gene differentiation coefficient，Gst）。

假定有s个地方群体，第k个地方群体相对大小为wk，第k个地方群体

中第i个等位基因频率为qk(i)，杂合体频率观察值为hk，那么整个群体

中观察到的杂合体频率平均值HI，地方群体为理想群体的期望杂合

体频率平均值HS，整个群体为理想群体的期望杂合体频率HT，分别

为：

FIS，是HI相对于HS减少量的比值，即地方群体的平均近交系数。

FST，是HS相对于HT减少量的比值，即有亲缘关系地方群体间的平均近交系数。

FIT，是HI相对于HT减少量的比值，即整个群体的平均近交系数。

可见，三者在数量上的关系为：

从配子间亲缘关系角度分析，FST和FIT分别相当于地方群体和整个群体中携带的
一对等位基因是同源的概率，而FST是从两个地方群体中任意抽取的两个配子是
同源的概率。从两个地方群体中任意抽取的两个配子是同源的概率大，表明两
个地方群体的遗传组成相似，分化程度低；反义，分化程度高。

FST取值范围[0,1],最大值为1，表明等位基因在各地方群体中固定，完全分化；
最小值为0，意味着不同地方群体遗传结构完全一致，群体间没有分化。


Wright建议，实际研究中，FST为0～0.05:群体间遗传分化很小，可以不考虑；
FST为0.05～0.15，群体间存在中等程度的遗传分化；
FST为0.15~0.25，群体间遗传分化较大；
FST为0.25以上，群体间有很大的遗传分化。