sra数据下载

1. SRA Tookit

cat srr.txt | while read id; do (prefetch  ${id} );done

注： srr.txt储存sra检索号名字

2. aspera结合SRA Tookit

prefetch -t ascp -a ".aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file srr.txt -O 输出目录

-a 必须要用绝对路径写上ascp所在的位置和previte KEY 的位置，否则下载速度会变慢

3. 迅雷

链接： ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR检索号前3位/SRR检索号/SRR检索号.sra

例子： ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR563/SRR5631562/SRR5631562.sra

4. wget

• 获取链接
  
  
• 下载

wget https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/006632/SRR6791470  

注：
1）如果网速不好下载数据不完整
2）也可以使用curl URL -o 输出目录 --progress来进行下载

5.NCBI-sra数据链接汇总

SRP(Studies)—>SRX(Experiments)—>SRS(Samples)—>SRR(Runs)

Studies： 一个特定目的的研究课题，包含了项目的所有 metadata，一个study 可能包含多个Experiment
Experiments： 实验，包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。一个Experiment可能包含一个或多个runs
Runs： 表示测序仪运行所产生的reads
Sample： 样品信息，包括物种信息、菌株(品系) 信息、家系信息、表型数据、临床数据,组织类型等

• GSExxx
  链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE
  例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229
  

• SRP/SRA/SAMNxxx
  链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP/A
  例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP133642
  
  例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SAMN08619912
  
  SRP其他链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP078156&o=acc_s%3Aa
  

• SRXxxx
  链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX
  例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX3749902

• PRJNAxxx
  链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA
  例子：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA436229
  
• SRRxxx
  链接：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR
  例子：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR6790711
  

6. EBI数据下载

ENA数据库：隶属EBI ，功能等同SRA，对保存的数据做了注释，界面相对于SRA更友好，可以直接下载fastq 文件

• 参考链接：
  https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413
  https://mp.weixin.qq.com/s/8xWl_DAYhFnLjdlg5ZcdIw

• 下载方法
  1）搜索ENA主页
  2）在view搜索栏输入SRR号，如SRR1805951并点击搜索
  
  3）在show selected columns选择希望显示的列，然后下载报告
  
  4）文件里含有fastq和sra数据的链接
  
  fastq
  链接：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR前3位/00最后1位/SRR号/SRR号_1或者2.fastq.gz
  例子：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/001/SRR1805951/SRR1805951_1.fastq.gz
  sra
  链接：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR前3位/00最后1位/SRR号
  例子：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR180/001/SRR1805951
  5）aspera下载

for i in {29..64} #i为SRR最后两位
do
a0='/路径/.aspera/connect/bin/' #aspera路径
a1='ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR前3位/00' #下载命令
a2=$(($i % 10))
a3='/SRR前5位'$i
a4='_1.fastq.gz .' #fastq后缀，.代表当前目录
a5='_2.fastq.gz .'
echo $a0$a1$a2$a3$a3$a4
echo $a0$a1$a2$a3$a3$a5
done >> ascp.command
#执行
nohup bash ascp.command &