利用Amber构建糖蛋白体系的整个流程

利用了两周的时间,总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系,由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点,利用糖基化之后的蛋白来构建Amber能够识别的体系。

首先:利用 Glyprot来构建你所需要的糖侧链分子.

其次:由于构建出来的糖侧链中的残基在Amber中并不能够识别,所以需要根据糖分子的具体的结构(如:D,L构型和a,p构象)来找到和Amber相对应的结构,并找到相应的命名方式。

再次:因为Amber中有针对于糖蛋白的特定的氨基酸的命名方式,所以需要将和糖侧链相链接的氨基酸按照特定的方式来命名(Ambe11中的糖的力场为leaprc.GLYCAM_06, Amber12中糖的力场为leaprc.GLYCAM_06h).比如在Amber中与糖侧链相连的天冬氨酸的残基的名称要改为NLN.

最后:检查整个体系的电荷是否为0,如果不为0,需要对整个体系做进一步的修改。

你可能感兴趣的:(分子动力学)