被朋友安利一个专门用于处理生物信息学的工具箱“Biopython”，别人用python开发的小工具直接拿来用用也是很省时省力的，好吧，学生信就从“调包侠”开始做起吧！
因为刚好有“需求”：用biopython的bcbio-gff来实现gbff文件转gff，所以就拿这个小功能来试一下biopython。
方法参考：https://www.jianshu.com/p/152efcfabf0f?from=singlemessage
那么，先从biopython的安装开始吧
官网：https://biopython.org/
Tutorial：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec5
GitHub：https://github.com/biopython/biopython
中文说明书：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr01.html
最简单的安装方式就是用pip：
pip install biopython
如果需要更新版本的话：
pip install biopython --upgrade
安装新版本之前如果卸载旧版本或者卸载biopython：
pip uninstall biopython
Biopython不同版本适用于不同的python版本，Biopython 1.68 was our final release to support Python 2.6, while Biopython 1.76 was our final release to support Python 2.7 and Python 3.5。biopython以前的版本在pypi里面有，或者官网，因此，如果要在特定的python版本里安装biopython就要用：
python3.6 -m pip install biopython
pypy -m pip install biopython
## 如果python3像我的一样用conda安装的，可以先激活python3环境再安装，我的python版本是3.7.8
conda activate python3
python -m pip install biopython
## 或直接pip install biopython，都是安装在python3环境里的site-packages里##
一般来说需要进行按照附带的README文件从源开始安装，以确保安装的没有问题。事实上也可以跳过build和test，直接install。
python setup.py build
python setup.py test
sudo python setup.py install
查看biopython版本，进入python3，然后：
>>> import Bio
>>> print(Bio.__version__)
...
这里需要用到biopython里的工具SeqIO（序列的输入和输出），
先安装bcbio-gff：
pip install bcbio-gff
然后写一个调用工具python小脚本gbff2gff.py，参考 Parsing GFF Files · Biopython ：
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO
import sys
inputfile, outfile = sys.argv[1:3]
in_file = inputfile
out_file = outfile
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()
例如运行：
python gbff2gff.py GCA_008086715.1_ASM808671v1_genomic.gbff GCA_008086715.1_ASM808671v1_genomic.gff
就完成了一个小练习。
引用原文链接：https://www.jianshu.com/p/152efcfabf0f?from=singlemessage
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