更新R版本后无法安装ggscatter,用其他方法画火山图

各位同学,大家好!
想必大家在安装R包的时候会遇到

Warning in install.packages :
  package ‘ggscatter’ is not available (for R version 3.6.1)

上述的状况,这里主要说的是ggscatter包无法匹配R的3.6.1版本,所以我查看了一下自己的R版本(Tool>Global Options),确实是3.6.1。用如下程序进行更新(在R中操作):

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

在弹出的选择框里选择China(Lanzhou),如果用方法的话,下载的速度较快。
接下来,打开Rstudio>help>Check for Updates,如果这里有需要更新版本,就会有提示,点击后会直接跳转到Rstudio的更新界面。

完成了Rstudio版本的更新后,再次尝试下载ggscatter包,出现

Warning in install.packages :
  package ‘ggscatter’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

我们打开此链接,没有发现有用的信息。在网上查到如下代码:

library(ggplot2)
diff <- read.csv("DEG.Out.csv",header = T)

logFC <-diff$logFC
adj <- diff$FDR

data <- data.frame(logFC=logFC,padj=padj)
data$sig[(data$padj > 0.05|data$padj=="NA")|(data$logFC < 0.5)& data$logFC > -0.5] <- "no"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC >= 0.5] <- "up"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -0.5] <- "down"

# 选最大值作为xlim的上下边界
x_lim <- max(logFC,-logFC)
# 绘制火山图
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
pdf(file = "miRNA_volcano.pdf",width=8,height=8)
theme_set(theme_bw())
p <- ggplot(data,aes(logFC,-1*log10(padj),
                   color = sig))+geom_point()+
   xlim(-5,5) +  labs(x="log2(FoldChange)",y="-log10(FDR)")
p <- p + scale_color_manual(values =c("#0072B5","grey","#BC3C28"))+
  geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
  geom_vline(xintercept=c(-0.5,0.5),linetype=4)
p <- p +theme(panel.grid =element_blank())+
    theme(axis.line = element_line(size=0))+ylim(0,15)
p <- p  +guides(colour = FALSE)
p <- p +theme(axis.text=element_text(size=20),axis.title=element_text(size=20))
p
dev.off()
print(p)

下一步,就是去尝试一下了。

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