linux 的三驾马车grep ，sed，awk

grep

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只要出现gene字眼都查找出

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精确查找，一个单词一个单词的搜索

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用于找文件前缀

到file文件里面查找关键词
grep -w -f file

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-n显示行号

正则表达式

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• 只查找以“T”开头的行

  
  
  

• 模糊匹配的方法 f*ee

  
  
  

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• grep 'f?ee' 其中 \是转义符
  表示f可以出现0次或1次， 查找fee 或者ee

• • 匹配1次或多次
    grep 're+'
    表示e可以出现1次或多次，查找 ree, re, ree等

• {n}匹配n次

  
  
  

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• 列出以*结尾的文件

  
  
  

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• 一般情况下*可以当做通配符

• *表示出现0次或者1次

  
  
  

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sed

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a命令.png

在第一行和第二行前面加一行.png

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1，练习题目

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从第二行开始，使用y函数，ATCG对应TAGC，如果想要保存，利用重定向命令

awk

awk定义

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循环语句

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先匹配外显子的exon的行，第五列减去第四列

当用cut命令取第九列的时候，取得很多

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基因前后的空格都被分割了，取出来

所以需要重新定义分隔符

-F分隔符被重新定义为制表符

打印关于UTR的所有列出来

print和print end 类似于在开头结尾加注释

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