基于基因家族的生信发文思路

本次分享一下基因家族的生信发文思路，文章发表在Cancer Medicine 上，影响因子：3.491，中科院分区：三区。作者分析了exostosin蛋白家族的两个基因：EXT1和EXT2 ，主要进行表达水平的差异分析、功能分析、预后分析，最后发现只有EXT1可以成为具有预后价值的biomaker。

文章题目：Exostosin1 as a novel prognostic and predictive biomarker for squamous cell lung carcinoma: A study based on bioinformatics analysis

分析思路：

1、登陆Oncomine数据库和UALCAN数据进行差异分析，发现EXT1和EXT2在LUSC组织出现高表达（vs normal），并且根据临床特征进行相关分析具体结果如下图：

2、登陆CELL数据库进行查看细胞系的表达水平，并且进行qPCR验证，发现EXT1和EXT2在细胞系的表达也是比较高的，然后进行WB实验分析蛋白表达水平，同样得到验证（利用以前的实验结果验证），结果如下：

3、登陆GEPIA数据库进行预后分析，根据生存曲线的结果，发现只有EXT1具有预后价值

4、对EXT1进行共表达分析，寻找相关的共表达基因，并且对共表达基因进行GO、KEGG、PPI分析，结果如下：

5、寻找EXT1上游的miRNA,利用ENCORI 数据库进行预测，将得到的miRNA构建网络，差异分析，生存分析

总结：

1、本文分析思路简单明了、操作非常简单，基本都是利用点点就可以出结果的数据进行操作（Onomine、UALCAN、GEPIA、CELL数据库），所以文章的图片非常一般。

2、虽然补充了实验进行验证，但是都是简单的验证，而且还是几年前的实验结果，这样就大大降低文章的花费成本，可以说是零成本。

3、本文最难的地方就是如何发现这个值得研究的基因家族，可能是源于作者以前的研究基础，或者通过阅读文献发现的...

4、如果想将文章深度加深，则可以尝试研究EXT1的作用机理，这就要意味花费更多的时间、科研经费、精力。