2D 数据绘制（一）
2D 数据的绘制语法与 link 类似，在
circos 支持几种类型数据的图像，像散点图、折线图、热图、直方图等。
下面我们先以散点图为例，来简单说明绘制语法
1. 散点图
我们使用的数据记录的是每 100kb 的 SNP 密度
1.1 默认设置
每个 etc/tracks 中定义了
# etc/tracks/scatter.conf
glyph = circle
glyph_size = 10
color = grey
stroke_color = black
stroke_thickness = 0
r1 = 0.79r
r0 = 0.7r
orientation = out
这些设置会应用于每个类型 type=scatter 的 undef 取消定义
stroke_color = undef
1.2 基本散点图语法
各种二维数据类型图像的格式参数基本相同，但是会有一些例外。对于散点图，基本定义如下
show = yes
type = scatter
file = data/6/snp.density.txt
r1 = 0.75r
r0 = 0.90r
max = 1.0
min = 0.0
glyph = rectangle
glyph_size = 8
color = red
stroke_color = dred
stroke_thickness = 1
参数含义：
-
show- 与高亮及连接一样，是否显示图像 -
type- 绘图的类型，可以使散点图、直方图、热图等 -
file- 需要绘制的数据文件 -
min/max- 绘制范围，超过范围的数据将被裁剪 -
r0/r1- 绘制图像的内径和外径，像高亮一样，支持绝对值和相对值（也可混合使用） -
glyph- 散点图符号的形状，可以是圆形、矩形或三角形之一 -
glyph_size- 符号的大小，像素单位 -
color- 符号的填充色 -
stroke_color- 符号的轮廓颜色 -
stroke_thickness- 符号的轮廓的厚度，像素单位
数据格式
chr start end value options
注意：value 与 start-end 指定的范围相关联，而不是碱基对的位置
# value 0.005 at span 1000-2000
hs1 1000 2000 0.005
# value 0.010 at span 2001-2001, e.g. a single base position
hs1 2001 2001 0.010
circos 使用数据文件的起始和结束位置，是为了保持数据与 link 文件一致。
图形符号会绘制在跨度（start-end）的中间，因此，上面的符号将会在 1500 和 2001 位置绘制
在 min/max 范围之外的数据点不会绘制，所以，你并不需要用规则把这些点剔除。
1.3 图像背景
r0 和 r1 参数定义了图像的径向起始和终止位点。
你可以使用
color = vvlgrey
通过定义多个 background 块，可以对背景填充设置条纹和分层。用 y0 和 y1 定义填充的径向范围
color = vlgrey
# absolute fill range
y1 = 0.5
y0 = 0
color = vlred
# relative fill range
y1 = 1r
y0 = 0.75r
1.4 绘图轴
你可以使用 y 轴网格线
color = red_a5
thickness = 1
spacing = 0.025r
color = red_a3
thickness = 2
spacing = 0.1r
这个轴是一系列具有固定间距的同心圆弧。间距值可以使绝对值或相对值
1.5 绘制格式规则
格式化规则的使用与 link 类似，可以在条件字段中使用 var(value) 来表示特定值的数据点。如
condition = var(value) > 0.5
stroke_color = dgreen
color = green
glyph = rectangle
glyph_size = 6
这一规则会将值大于 0.5 的所有点变成深绿色轮廓、绿色填充色以及大小为 6 的矩形符号
当然，你也可以在 rule 内部设置 show=no 来隐藏某些数据点
2. 折线图
折线图与散点图的不同之处在于，在每个点位置没有绘制符号，而是用线把这些点连接起来。
折线图的格式与散点图非常相似，但是有以下区别。
type=line- 无
glyphs- 没有glyph参数，也就没有glyph_size参数 -
stroke_thickness和stroke_color变成了thickness和color - 距离大于
max_gap的相邻点不会用线连接起来，避免数据中较大的间隙
在 min/max 数据范围之外的点防止在 min/max 极值点。因此，如果许多相邻的点落在数据范围之外，则连接线可能会沿着绘图的底部或顶部延伸
如果要从数据集中删除这些点，可以在 rule 中设置 show=no。
例如，如果你的 min/max 值为 0/0.5，那么该规则将删除范围之外的点，使其不会影响绘制线条的方式
condition = var(value) < 0 || var(value) > 0.5
show = no