卢循把伏兵布置在秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军将从白石登岸作战。
刘裕留下沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动，随后自己和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击敌人。
沈林子说：“贼兵这样说，却不一定真这样做，应该多加防备。”刘裕说：“石头城地势险峻，而且淮口的栅栏很坚固，把你留在后方，足可以守的住了。”
（沈林子的父亲在孙恩之乱时做过孙恩的参军，因战败被捕处死，沈林子的祖父被同宗告发，于是他的祖父和四位叔父都被处死，沈林子因为和兄弟藏身山中，才幸免于难。此后孙恩再度侵扰三吴地区，参与讨伐的东晋将领都放纵部下四处掳掠，唯独刘裕军纪严明，沈林子特地去向刘裕自首。刘裕被他感动，就将他们一家带到京口接济他们，从此沈林子兄弟便跟随刘裕征战南北并深得器重。）
几天后，卢循火烧查浦，进步来到张侯桥，徐赤特准备迎战，沈林子劝阻道：“贼兵声称去了白石，却几次来到这里挑战，他们的险恶用心，我们可以猜到。我们的军队人少无法抵抗，不如坚守险要，等待大军回来。”
徐赤特却不肯听从，执意出兵交战，敌人的伏兵突然出现，徐赤特被打得大败，乘着一条船逃往秦淮河北岸。沈林子及刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石又率军赶来相救，敌军才撤了回去。
卢循带着一支精锐部队急进，到达丹阳郡，刘裕率着几路部队立即赶回石头，将徐赤特斩首，修整了很长一段时间，才带兵到南塘列开战阵。
东晋判将司马国璠、司马叔璠、司马叔道一起投奔后秦。后秦王姚兴说：“刘裕刚刚剿灭了桓玄，辅佐晋朝宗室，你们为什么还要到这里来？”
他们回答说：“刘裕不遗余力地削弱王室的力量，我们宗族之中如果有自己发奋成才的人，常常都被刘裕除掉，他这样是为国家制造祸患，甚至比桓玄还厉害。”姚兴于是任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循进犯了掠夺了几个县，什么也没有抢到，便对徐道覆说：“军队出来的时间太长，已经疲惫不堪，我看不如回到寻阳，合力攻取荆州，这样，我们占据了三分之二的天下，就可以慢慢地再与建康的政权争强斗胜了。”于是秋季，卢循从蔡洲向南撤退回寻阳，留下部将范崇民带领五千人据守南陵。刘裕派王仲德、刘钟等人带兵追击卢循。
刘裕回到东府后，大规模建设水军，他派孙处、沈田子率领三千人从海上绕道，前去袭击番禺。沈田子是沈林子的哥哥，大家都认为海上行军艰难遥远，要抵达那里是一件很难完成的任务，而且分出现有兵力去进攻广州，也不是当务之急。
刘裕却不肯听从，命令孙处说：“朝廷的大部队在十二月初一定会打败贼兵，你到那个时候，首先要把他们的老窝捣毁，让他们逃跑也无家可归。”
西蜀的谯纵见东晋大乱，连忙派遣使者去后秦请求出兵共同讨伐东晋，随后任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人进犯荆州，姚兴派遣苟林率领骑兵和他们会合互相接应。
江陵城自从卢循东下之后，便再也没有得到京城建康的消息，因此一群群的强盗蜂拥而起，荆州刺史刘道规派遣王镇之、檀道济等人带兵去救援京都建康。
王镇之到达寻阳，被后秦将军苟林打败。卢循听到了这个消息，任命苟林为南蛮校尉，分出一些兵交给他统辖，让他乘胜讨伐江陵，并对外声称徐道覆已经攻克了建康。
桓谦驻扎在枝江，苟林屯驻在江津，这两伙军队交相逼迫，使江陵城中很多士人百姓都在心中做好了另外的打算。
守将刘道规把将士们集合在一起，对他们说：“桓氏家族世代经营江荆之地，桓谦现在就在附近，听说你们很多人都有去投靠他的打算，我们这些从东部过来任职的文武官员足以应付各种事变，如果有打算去的人，我绝不禁止。”于是，下令当夜打开城门，一直到早晨也没有关闭，众人对他又怕又服，没有人离去。
雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳赶赴江陵，有人说，鲁宗之的意图还不可预料，但刘道规却单人匹马前去相迎，鲁宗之既感动又高兴。刘道规请鲁宗之留在这里坚守，把他当做心腹之人，自己则统率军队去进攻桓谦。
将领们劝他说：“这次您到这么远的地方去讨伐桓谦，能否胜利还很难预料。苟林就在附近的江津，等待着我们的动静，如果他来攻打这座城，鲁宗之也不一定能守住，一旦有什么闪失挫折，那么，我们的处境就很糟糕了。”
刘道规说：“苟林此人愚蠢懦弱，没有什么计谋，他以为我离开得不远，一定不敢前来攻城。我这次进攻桓谦，一到那里就可以获胜，就在敌人犹豫不决的时候，我都已经回来了。桓谦一旦失败，那么苟林便会被吓破胆了，哪里还有闲心到这里来！况且鲁宗之独自率兵在这里坚守，难道几天都支持不了！”
于是刘道规火速进军攻击桓谦，水军、陆军同时发动。桓谦出动了几乎所有的水师船队，用步兵骑兵互相配合，双方在枝江会战。
檀道济抢先冲锋陷阵，桓谦的军队大败，他坐着一条船逃走去投奔苟林，刘道规追上把他杀了。他们又回军到达涌口，进攻苟林，苟林见势不妙逃跑，刘道规派遣刘遵率人前去追击，刘遵追到巴陵斩杀了苟林。
当初，桓谦抵达枝江时，江陵的各阶层百姓，都给桓谦写信，告诉他城内的情况，打算在桓谦攻城时做内应，刘道规在桓谦大营中搜到了这些信，他却命令人把信全部烧了，一封也不看，江陵的百姓从此心服口服，人心非常安定。
庾悦任用虞丘进为前锋，几次打败卢循的部队，并开进到豫章驻守，切断了卢循的运粮通道。
桓温的侄子桓石绥因为卢循的进犯，自己也在洛口拉起一支队伍，自称为荆州刺史和王天恩一起攻占了西城。傅韶派儿子傅弘之征讨他们，把他们全杀了，桓氏家族从此彻底灭绝。
刘毅一再要求带兵追击卢循，王诞偷偷地对刘裕说：“刘毅既然战败，丧失了队伍和权力，就不应该再让他立功了。”刘裕接受了这个建议，亲自率领刘藩、檀韶、刘敬宣等向南进军攻打卢循，任命刘毅留守，把后方的杂事全交给了他。