Ubuntu 下Blast+工具的安装与环境配置

NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比对工具，也是很多基因家族鉴定工作中不可或缺的工具之一

最近NCBI推出了Blast+的软件工具包

因此我们在本文中就试一试在Ubuntu中安装和配置Blast+的环境变量

也就是包括三部分：下载、安装与配置环境变量

1. Blast+的下载

进入NCBI网站ftp网页进行寻找对应的版本

存在与ftp中的各种版本的blast软件压缩包

采用wget工具进行安装

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

下载好了过后，采用md5值进行校验

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ md5sum ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz 
9d31dff42ab2b0d9565f761ce340e4ba  ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

在ftp上存有对应的md5值，我们点开后就能够查看

对应的md5值

最后我们采用grep命令进行一次检查就好了

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ md5sum ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz | grep 9d31dff42ab2b0d9565f761ce340e4ba
9d31dff42ab2b0d9565f761ce340e4ba  ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

存在有返回值就说明md5值是一致的

2.Blast+的安装

首先解压软件压缩包

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software$ tar zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz 
ncbi-blast-2.7.1+/
ncbi-blast-2.7.1+/doc/
ncbi-blast-2.7.1+/doc/README.txt
ncbi-blast-2.7.1+/LICENSE
ncbi-blast-2.7.1+/ChangeLog
ncbi-blast-2.7.1+/README
ncbi-blast-2.7.1+/ncbi_package_info
ncbi-blast-2.7.1+/bin/
ncbi-blast-2.7.1+/bin/makembindex
ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeblastdb
ncbi-blast-2.7.1+/bin/tblastx
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastdbcheck
ncbi-blast-2.7.1+/bin/dustmasker
ncbi-blast-2.7.1+/bin/rpsblast
ncbi-blast-2.7.1+/bin/segmasker
ncbi-blast-2.7.1+/bin/windowmasker
ncbi-blast-2.7.1+/bin/convert2blastmask
ncbi-blast-2.7.1+/bin/update_blastdb.pl
ncbi-blast-2.7.1+/bin/psiblast
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastn
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blast_formatter
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastp
ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeprofiledb
ncbi-blast-2.7.1+/bin/legacy_blast.pl
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastdb_aliastool
ncbi-blast-2.7.1+/bin/deltablast
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastx
ncbi-blast-2.7.1+/bin/rpstblastn
ncbi-blast-2.7.1+/bin/tblastn
ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastdbcmd

3.Blast+的环境配置

环境配置的方法与之前一样

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/software/ncbi-blast-2.7.1+/bin$ pwd
/home/yeyuntian/CYPdata/software/ncbi-blast-2.7.1+/bin
#获取bin文件夹的绝对路径
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ echo "PATH=$PATH:/home/yeyuntian/CYPdata/software/ncbi-blast-2.7.1+/bin" >> ~/.bashrc
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ source ~/.bashrc 
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ which blastn 
/home/yeyuntian/CYPdata/software/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastn

OK,这样我们就完成了在Ubuntu环境下对Blast+软件包的安装与环境配置

在下一节中我们将介绍如何通过blast+这个软件近本地序列比对以及靶序列的过滤与提取