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图表示学习
我们都知道在数据结构中,图是一种基础且常用的结构。现实世界中许多场景可以抽象为一种图结构,如社交网络,交通网络,电商网站中用户与物品的关系等。
目前提到图算法一般指:
- 经典数据结构与算法层面的:最小生成树(Prim,Kruskal,…),最短路(Dijkstra,Floyed,…),拓扑排序,关键路径等
- 概率图模型,涉及图的表示,推断和学习,详细可以参考Koller的书或者公开课
- 图神经网络,主要包括Graph Embedding(基于随机游走)和Graph CNN(基于邻居汇聚)两部分。
这里先看下Graph Embedding的相关内容。
Graph Embedding技术将图中的节点以低维稠密向量的形式进行表达,要求在原始图中相似(不同的方法对相似的定义不同)的节点其在低维表达空间也接近。得到的表达向量可以用来进行下游任务,如节点分类,链接预测,可视化或重构原始图等。
DeepWalk 原理
我们都知道在数据结构中,图是一种基础且常用的结构。现实世界中许多场景可以抽象为一种图结构,如社交网络,交通网络,电商网站中用户与物品的关系等。
目前提到图算法一般指:
经典数据结构与算法层面的:最小生成树(Prim,Kruskal,…),最短路(Dijkstra,Floyed,…),拓扑排序,关键路径等
概率图模型,涉及图的表示,推断和学习,详细可以参考Koller的书或者公开课
图神经网络,主要包括Graph Embedding(基于随机游走)和Graph CNN(基于邻居汇聚)两部分。
这里先看下Graph Embedding的相关内容。
Graph Embedding技术将图中的节点以低维稠密向量的形式进行表达,要求在原始图中相似(不同的方法对相似的定义不同)的节点其在低维表达空间也接近。得到的表达向量可以用来进行下游任务,如节点分类,链接预测,可视化或重构原始图等。
DeepWalk
DeepWalk 算法主要包括两个步骤,第一步为随机游走采样节点序列,第二部为使用word2vec学习表达向量
Random Walk
我们可以通过并行的方式加速采样,在采用多进程进行加速时,相比于开一个进程池让每次外层循环启动一个进程,我们采用固定为每个进程分配指定数量的num_walks的方式,这样可以最大限度减少进程频繁创建与销毁的时间开销。
deepwalk_walk方法对应上一节伪代码中第6行,_simulate_walks对应伪代码中第3行开始的外层循环。最后的Parallel为多进程并行时的任务分配操作。
def deepwalk_walk(self, walk_length, start_node):
walk = [start_node]
while len(walk) < walk_length:
cur = walk[-1]
cur_nbrs = list(self.G.neighbors(cur))
if len(cur_nbrs) > 0:
walk.append(random.choice(cur_nbrs))
else:
break
return walk
def _simulate_walks(self, nodes, num_walks, walk_length,):
walks = []
for _ in range(num_walks):
random.shuffle(nodes)
for v in nodes:
walks.append(self.deepwalk_walk(alk_length=walk_length, start_node=v))
return walks
results = Parallel(n_jobs=workers, verbose=verbose, )(
delayed(self._simulate_walks)(nodes, num, walk_length) for num in
partition_num(num_walks, workers))
walks = list(itertools.chain(*results))
Word2vec
这里就偷个懒直接用gensim里的Word2Vec了。
from gensim.models import Word2Vec
w2v_model = Word2Vec(walks,sg=1,hs=1)
DeepWalk应用
这里简单的用DeepWalk算法在wiki数据集上进行节点分类任务和可视化任务。
wiki数据集包含 2,405 个网页和17,981条网页之间的链接关系,以及每个网页的所属类别。
本例中的训练,评测和可视化的完整代码在下面的git仓库中,后面还会陆续更新line,node2vec,sdne,struc2vec等graph embedding算法以及一些GCN算法
https://github.com/shenweichen/GraphEmbedding/blob/master/examples/deepwalk_wiki.py
G = nx.read_edgelist('../data/wiki/Wiki_edgelist.txt',create_using=nx.DiGraph(),nodetype=None,data=[('weight',int)])
model = DeepWalk(G,walk_length=10,num_walks=80,workers=1)
model.train(window_size=5,iter=3)
embeddings = model.get_embeddings()
evaluate_embeddings(embeddings)
plot_embeddings(embeddings)
分类任务结果
| micro-F1 -|- macro-F1 |
| 0.6674 -|- 0.5768 |