2018-12-19 学习小组Day3笔记———邓力

Linux 环境下程序安装

登录服务器

bzip
yum install -y bzip2（自动安装bzip）

软件下载器（miniconda）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda里下载

先安装激活

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc  #来激活conda
conda

设置镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list
conda search fastqc
conda install fastqc=0.11.7 -y #-y是自动安装,0.11.7是版本号
conda remove fastqc #卸载

conda 环境

conda info --envs  #查看环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y  #创建新环境及软件
source activate rna-seq #激活
conda remove -n rna-seq fastqc -y #自动卸载某个环境的软件
source deactivate #退出环境
conda remove -n rna-seq --all #删除环境