五一完成Ubuntu安装及系统基本设置总结

五一三天基本每天都花了五六小时倒腾Ubuntu的安装和配置,主要参考了曹务强博主的博文在一步一步的装配。其中出现问题的部分又另行百度参考了很多其他各路大神的经验,最终得以解决,成功装配好。在此进行一个小总结,希望能对新手有所帮助。

Day1

参考曹务强博主的博文http://blog.sciencenet.cn/blog-505988-1084579.html 进行了Windows10系统下的Ubuntu子系统安装,因为系统默认是装在了C盘,所以就要将其迁移至空闲盘E盘,为此折腾了一番,也百度了各路方法,最终终于弄好了。其中遇到的问题和解决办法,以经记录在了自己的日记“在Windows10下安装Linux子系统步骤”中。这一天就这么倒腾完了。

Day2

接着参考曹务强博主的简文“使用Windows做生信 | WSL生信分析环境搭建”进行vim的设置,首先百度了如何在home目录下创建.vimrc文件,然后在某博主的博文(https://blog.csdn.net/lixiang0522/article/details/7581844)里看到了一种更简便的方法:直接在终端输入vim,即可进入vim的标准模式,然后键入i就进入到插入模式,在里面输入自己想要的设置之后按Esc键回到标准模式,然后再键入:w filename(保存文件到当前目录),我键入了:w vimrc(直接以vimrc文件名保存在home目录下了)。然后键入:wq退出vim。具体操作及问题解决我记录在了日记“vim安装及设置”中。

Day3

开始给ubuntu添加国内下载源,还是参考曹务强博主的简文进行,但一开始就碰到问题了,首先是调用root权限的问题,解决办法见我的日记“vim安装及设置”。其次是我用vim sources.list命令一直显示无法打开sources.list文件,然后我看来一下那个sources.list是一个子目录,不是文件形式,于是我就干脆在下面创建了一个sources.list文件,然后就可以打开了,于是我就继续往下走,在里面添加阿里云下载源,添加好了之后就apt update命令更新源,更新成功后便用apt install -y r-base命令从阿里云镜像下载R试试,结果一直报错显示找不到该命令。最终通过各种百度折腾了半天无果,然后回看时注意到了这个cd /etc/apt(进入下载源文件存储文件夹)命令,才恍然明白我的打开路径出错了(我一直打开的是home目录ycw子目录下的sources.list文件)。然后以cd /etc/apt命令重新进入,再以vim sources.list命令打开其下的sources.list文件,进行如上添加下载源操作,再用apt update命令更新源,之后还是用apt install -y r-base命令从阿里云镜像下载R测试,结果安装成功了。

接着就开始安装bioconda了,参照曹务强博主的博文《使用Bioconda管理生信软件》。进行。我先用命令mkdir workspace在自己的home/ycw目录下创建了workspace目录(注意:一定要先进入到home/ycw目录路径后,再输入命令)至于怎么进入?参见我的日记“Linux下的基本命令详解”,然后cd /home/ycw/Workspace命令(注意cd后有个空格)进入软件安装目录,然后用wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令下载miniconda安装包(wget 后有一个空格)。下载完之后用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令安装miniconda。安装过程中跳出来一个保存位置,其实直接enter就好了,它就会保存在home/ycw/Workspace目录下,但我当时又输入了workspace,故其最终保存在home/ycw/Workspace/workspace下。安装完成后,重新登录或者source ~/.bashr,安装完成后,我们还需要对环境变量进行添加,方便我们启动,无论是哪种内核(版本)的系统,都可以通过修改/etc/profile或者/etc/bashrc的配置信息来达到设置环境变量的目的。我是通过修改profile文件,输入命令sudo vi /etc/profile,然后输入密码后进入文件再输入i进入文件编辑,在文件的末尾加上下述代码:

#Anaconda

 export PATH=$PATH:/home/ycw/workspace/workspace/Miniconda3/bin

然后按下ESC键,输入:wq,按下回车就保存退出了,最后重新载入配置文件,输入source /etc/profile,至此环境变量就配置好了。

打开终端(Terminal),输入python3,测试是否安装成功。

安装成功后就要给conda添加Chanels以配置生物信息学软件源,还要添加国内源,解决下载慢的问题。在终端输入如下命令:

conda config --add channels defaults(由于自带了,所以就没有输入这个)

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

# 添加清华镜像加速下载

site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda

conda config --add channels ${site}/pkgs/free/

conda config --add channels ${site}/pkgs/main/

conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/

conda config --add channels ${site}/pkgs/r/

conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/

conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/

conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/

conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

若在输完之后要更改以上命令,则用命令vim ~/.condarc进入,再键入i编辑修改,之后按Esc键退出编辑模式,再输入:wq保存并退出。

装配好之后便用Conda安装软件测试,我以安装grahplan树图为例,输入命令conda install graphlan,便开始安装了,安装完之后再用命令conda remove graphlan,卸载该软件。在这之前是先用的曹务强博主提供的Chanels和国内源,但再测试时一直报错,显示无法连接上国内源,所以上百度上找原因了,偶然看到了刘永鑫Adam博主的博文便尝试了一下,然后成功了。

添加Chanels和添加国内源部分内容参考博主刘永鑫Adam 

原文:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/82226929

其实最开始是想安装Anaconda的,经过一番尝试,一直没有找到方法,所以就开始安装Miniconda了,在安装Miniconda的过程中看到了一篇博文可以作为安装Anaconda的参考。博文链接如下:

Linux下安装Anaconda(64位)详细过程 - CoderYYN - CSDN博客 https://blog.csdn.net/ychgyyn/article/details/82258136

另,上述设置环境变量部分也参考了这篇博文。

五一小长假,今天的收获最多。

你可能感兴趣的:(五一完成Ubuntu安装及系统基本设置总结)