RNA分子m6A机制研究4:核心机理

     m6A 是目前研究的热点,最近出来的高分文章很多。相当多的老师是在研究m6A对靶标RNA的调控机制。我们在2020年底讨论过3类m6A的经典思路。

1. 从甲基酶/去甲基酶入手

视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1my4y1S7DG

其思路是:

1)找到处理组中重要的甲基酶如METTL3, METTL14,去甲基酶FTO等有差异表达,同时过表达敲低后,表型变化显著;

2)敲低后做m6A测序找改变的m6A位点的RNA分子,同时做mRNA-RNAseq找有差异改变的RNA,二者取交集作为潜在的靶标;

3)找出m6A修饰的RNA分子结合的m6A阅读蛋白;

4)证明他们之间的互作关系。

2.  做基因的功能,上游推到m6A

视频链接为:https://www.bilibili.com/video/BV1RD4y1X72R

其文章思路是:

1)发现某个基因有差异,做过表达敲低有表型改变,

2)向下游找靶标,调控下游的蛋白/通路,具体机制考虑该基因的功能;

3)这个基因为什么发生改变呢?发现RNA 存在m6A修饰位点,证明是m6A修饰后引起该RNA分子的功能变化。

3.  找调控甲基化酶/去甲基化酶/阅读蛋白的分子

视频链接为:https://www.bilibili.com/video/BV1eV411h7qT

其文章思路是:

这类文章通常本没有打算做m6A,但靶标分子是m6A相关的酶,所以引入了m6A机制。

1)研究某TF,lnc,circ,某个蛋白,发现靶标是 m6A相关酶;

2)干预该m6A酶时,表型有变化,

3)找m6A酶的 结合的RNA分子,进而确定靶基因。


    以上是m6A基本机制,然而还需要明确细化很多问题。m6A机制的核心是什么?我们关注的点应该是什么?各种互作关系实验如何证明?做circ,lnc时,我们会首先筛选差异表达的分子,验证其表型,然后找机制。为什么m6A不直接找差异变化的m6A位点,往下做机制呢?

    最新的m6A高分机制文章,在关注哪些问题?

    本期我们讨论,m6A机制的核心,有兴趣的老师可以了解一下。

以下是视频录屏链接,有需要的老师可以观看。

B站 超清链接 :

上:https://www.bilibili.com/video/BV165411g7PW

下:https://www.bilibili.com/video/BV1D84y1F7Bx

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