2019-11-09

一、JAVA环境安装
1、创建Biosofts目录

mkdir ~/Biosofts

2、创建/usr/java文件夹

mkdir /usr/java

3、将jdk-8u172-linux-x64.tar.gz压缩包拖到目录处进行下载，然后解压

sudo tar -vxf ~/Biosofts/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/java/

4、创建一个软连接文件

sudo ln -s jdk1.8.0_172 latest
sudo ln -s /usr/java/latest default

5、进入编辑模式，末尾加上如下几行：

image.png

6、输入指令：

source /etc/profile

7、查看java是否安装成功，显示安装成功

捕获3.PNG

出现的问题：进入编辑页面后，移动光标时会出现字母，无法编辑

捕x.PNG

解决办法：退出编辑状态，卸载掉原来有问题的vim-common组件：

sudo apt-get remove vim-common

卸载完成后，输入以下命令安装vim

sudo apt-get install vim

安装完成后即可进行编辑
二、FastQC下载安装
1、 将fastqc_v0.11.7.zip压缩包下载到Biosofts目录下，再进行解压

unzip ~/Biosofts/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/

2、发现没有执行权限

image.png

可借助chmod指令修改文件权限：

chmod 777 /home/huyimin/Biosofts/FastQC/fastqc

3、加入环境变量后，就不用再输入路径了

 echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc

4、使环境变量生效

 source ~/.bashrc

5、输入指令

fastqc -h

安装成功

image.png