SRA 数据的下载

1.推荐ascp 下载

2.NCBI 下载地址

ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/SRR799662/SRR799662.sra

ascp 下载

for i in `cat list`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/$i/$i.sra ./sra
done

或者

for i in `cat list`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/substr($i,1,6)/$i/$i.sra ./sra
done

当然，有些数据可能下不了

用prefetch

/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch SRR799631 -O .

or

/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch -option-file SRR_Acc_List.txt -O .

将sra 转为fastq格式

#single-end 单端测序

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 结果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 结果生成DRR000003.fastq

 

#pair-end  双端测序

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  结果生成   DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq

在ENA数据库下载也可以
从ENA数据库进行下载，ENA数据库的数据存放位置是fasp.sra.ebi.ac.uk，ENA在Aspera的用户名是era-fasp，[email protected]。如果要从ENA数据库下载SRR2976573，
ena 可直接下载fastq文件

ena搜索页面：https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRRid
ena ftp：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR799
ena ascp链接：[email protected]:/vol1/srr/

下载shell脚本

#不加 -P33001 报错

for i in `cat list_no`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l400m  -P33001 [email protected]:/vol1/srr/SRR799/$i .
done