【2019-04-23】 IGV打不开的处理办法

IGV：Integrative Genomics Viewer

IGV官网

http://software.broadinstitute.org/software/igv/home
The Integrative Genomics Viewer (IGV) is a high-performance visualization tool for interactive exploration of large, integrated genomic datasets. It supports a wide variety of data types, including array-based and next-generation sequence data, and genomic annotations.
来自官网的简介，总而言之，IGV是一个很棒的基因组可视化软件，最常见的使用场景是可视化查看比对结果。
在官网点击下载安装，一气呵成。

downloads

满心欢喜的点击桌面的快捷方式，结果，什么事情都没有发生。
Excuse me?
重复三次，依旧没有反应。从快捷方式打开IGV本体所在的文件夹

IGV文件夹

快捷方式指向igv.bat这个bat文件
【ps.】 .bat文件是dos下的批处理文件。
右键编辑这个.bat文件，文件内容如下：

setlocal
::Get the current batch file's short path
for %%x in (%0) do set BatchPath=%%~dpsx
for %%x in (%BatchPath%) do set BatchPath=%%~dpsx

if exist %BatchPath%\jdk-11 (
  echo "Using bundled JDK."
  set JAVA_HOME=%BatchPath%\jdk-11
  set JAVA_CMD=%BatchPath%\jdk-11\bin\javaw
) else (
  echo "Bundled JDK not found.  Using system JDK."
  set JAVA_CMD=java
)

start %JAVA_CMD% --module-path=%BatchPath%\lib -Xmx4g -Dproduction=true @%BatchPath%\igv.args -Djava.net.preferIPv4Stack=true -Dsun.java2d.noddraw=true --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main  %*

一脸懵逼的我，决定放过自己，点开了readme.txt，然后发现了这个：

手动打开IGV的命令行！
java？没装，没有关系，IGV本体所在的文件夹里jdk-11文件夹就是java环境，也不用再安装了，就是启用这个命令时，命令行有点长，得使用绝对路径。

果断自己开了一个txt，然后另存为.bat，嗯，就是第一张截图里的 IGV_64.BAT，一行命令，内容如下：

D:\BioSoftWare\IGV_2.5.0\jdk-11\bin\java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main

保存，然后双击。

IGV

成功开启IGV，可以愉快的开始可视化之旅了。撒花。