R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇

研究miRNA，靶基因预测是一个绕不开的话题。一般如果我们手上只有少量miRNA或者靶基因，需要预测miRNA和靶基因之间的调控关系，我们可以直接使用网页工具。这样的网页工具也很多，例如targetscan，miRTarBase，miRcode，ENCORI (starbase)等。

但是如果你通过差异表达分析，文献检索等前期分析，一下子找到了成百上千个candidate，那么网页工具显然就不是很现实了。如果检索一个miRNA的靶基因需要一分钟，那么480个miRNA，需要8小时，也就是说你这一天不吃不喝，不休息，不上厕所，能把工作做完。

这显然不是小编的风格，如果我们用R代码来做这个事情，可能总共只需要1分钟。当然，前提是你已经在本地保存了这些数据库里面所有的预测结果，我们只需要做一些简单的过滤和整理就可了。当然你通过爬虫程序，去实时获取预测结果也是一种方法，效率可能就没有第一种方法高了，并且会对服务器会造成一定的负载，而且需要联网。

那么我们就来着重讲解第一种方法，处理本地的预测文件。

我们拿ENCORI（starbase）这个数据库举个例子。前面我们已经简单的讲解过RNA相互作用神器——ENCORI这个数据库的用法，以及如何批量下载该数据库中的预测结果。下载到本地的文件结构如下：

其实我们比较关心的是miRNAname和geneName这两列，其他的信息我们并不是太关心。有时候同一个miRNA可以结合到同一个靶基因的不同位置，所以如果只看miRNAname和geneName这两列，结果会有冗余。那么我们先来处理一下这个文件，让他更简洁，结果如下：

我们用前面讲过的R中的stack和unstack函数来将data.frame转换成list，方便后面来预测miRNA和靶基因之间的调控关系。

以基因名作为list的name

以miRNA名字作为list的name

接下来我们就可以来预测miRNA-mRNA, mRNA-miRNA, miRNA-lncRNA, lncRNA-miRNA之间的调控关系了。其实下面就很简单了，就是list取子集就可以了，然后再通过R中的stack和unstack函数将list转换成data.frame就大功告成了。

预测miRNA->gene之间的调控关系

预测mRNA->miRNA之间的调控关系

如果理解了预测miRNA-mRNA和mRNA-miRNA之间调控关系的过程，那么预测miRNA-lncRNA, lncRNA-miRNA之间的调控关系就很容易了。

参考文献

RNA相互作用神器——ENCORI

R中的stack和unstack函数

unstack函数应用——生成单细胞marker基因表格

完整代码参考

R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇​