今天主要学习linux环境下安装miniconda和生信常用的软件fastQC

一 miniconda下载及安装

1.google 搜索miniconda 清华找到我们需要下载miniconda的最新版本的link address
2.进入到https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
3.查看服务器的版本：
uname -a

uname -a.png

看到服务器是64-bit（x86_64）然后选择最新的对应版本：

miniconda版本选择.png

左键复制，右键粘贴下载链接
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

打开ubuntu，登录服务器，进入biosoft目录进行下载
在ubuntu中输入cd b然后用tab键进行自动命令补全，就出现cd ~/biosoft
然后输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载miniconda.png

安装
bash 需要安装的软件全称
#bash是安装命令，后面接的是下载的软件包，如果不知道软件包的名称，可以直接在下载的目录下用 ls 命令查看。
安装过程中需要手动的地方：
Please, press ENTER to continue:按continue
Do you accept the license terms? [yes|no]:输入yes
Press ENTER to confirm the location:按enter
安装过程里面有一个很长的条款文件，这时你需要按q退出，继续后面的安装
Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no] [no] >>> :这里应该输入yes，第一次输入no，发现激活不了，因为没有安装成功

选择错了应选yes.png

出现错误，没有安装成功，需要删除miniconda目录，但是注意不能删除安装包Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh：
rm -r miniconda3:删除miniconda这个目录
ls biosoft home.txt miniconda3 Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh project src

重新安装.png

二激活conda

source ~/.bashrc

激活miniconda.png

然后输入conda进行验证是否激活了conda，成功了conda就自动运行了，运行的标志为在名称前面有个（base），说明可以用conda进行软件安装了。

三添加镜像

配置conda，首先是增加channel，channel就是软件源了，用的是清华的镜像，增加源的代码可以参考清华镜像的链接：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --set show_channel_urls yes的意思是从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了。
bioconda, conda-forge都是清华的源，想要查找更多的源可以直接进入网站。
参考来源
添加完毕后，并没有输出任何东西，然后输入 conda config --show channels ,可以查看当前软件源，未配置前只有defaults一个源
注意：海外可以不用配置清华镜像：
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels defaults
国内需要配置清华镜像(我们的服务器是腾讯的，所以需要配置)：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

四使用conda，查看当前所有软件列表

conda list:查看软件列表

check conda list.png

在conda里搜索软件fastqc
conda search fastqc

search fastqc.png

安装fastqc
conda install fastqc -y:自动安装
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.9 -y

conda安装fastqc.png

注：-y 可以自动安装到底。没有-y 安装时候需要自己确认，我试了下不加-y就失败了
卸载fastqc
conda remove 软件名称 -y
另外一些conda指令：

conda remove <软件名> -y: 卸载软件
conda update <软件名> -y:更新软件

卸载fastqc.png

五查看并创建新的conda环境

查看现有的conda环境：
conda info --envs:查看当前conda环境，前面带*的就是默认的!
查看当前conda有哪些环境.png
这里我们看到我们只有一个base conda环境
创建新的conda环境
如果需要处理转录组数据了，先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个步骤：创建rna-seq
新的conda环境，安装fastqc、trimmomatic两个软件可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建rna-seq环境并安装fastqc trimmomatic软件.png

再次查看conda环境：
conda info --envs

查看conda新环境.png

*还是在base那个环境
激活新的conda环境：rna-seq
conda activate rna-seq:这样默认的*就会转移到rna-seq前面，然后也会出现在服务器用户名前面，这就表明你现在用的是这个新环境
进行验证：
fastqc:验证新的环境是否可用

新conda环境rna-seq中查看fastqc软件.png