每周文献 2021-04-13

大家好，从本周起，每周我会分享一篇自己感觉不错的文献。本周我分享的文献是一篇关于生菜驯化历史的文章。

文章题目：Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce （445份莴苣种质的全基因组测序揭示了栽培莴苣的驯化历史）

期刊：Nature Genetics

影响因子 ：27.603 ；中科大类: 生物 1区; 中科小类: 遗传学 1区; JCR分区: Q1

发文单位：深圳华大生命科学研究院农业基因组学国家重点实验室团队

文章作者：深圳华大生命科学研究院魏桐博士、刘新疆和荷兰瓦赫宁根大学Rob van Treuren教授为共同第一作者，农业基因组学国家重点实验室刘欢研究员，刘心研究员和瓦赫宁根大学Theo van Hintum教授为共同通讯作者。

摘要：生菜是世界上重要的蔬菜作物。栽培莴苣被认为是从L.serriola驯化而来，但其起源和驯化历史仍有待阐明。文章中作者对445份莴苣种质进行了测序，包括主要莴苣作物类型和野生近缘种，并绘制生菜基因组变异的综合图谱。通过对生菜主成分和种群结构深入分析表明，生菜可能起源于高加索地区、两河流域，以散种的丢失为标志。文章还鉴定了生菜基因组中主要抗性簇的其他驯化性状和野莴苣基因渗入。本研究为作物育种提供了宝贵的基因组资源，并揭示了栽培生菜的驯化历史。

图片 1.png

生菜的驯化育种历史

主要结论：

1. 栽培生菜驯化性状的选择性区间鉴定及生菜叶刺的关联分析

   
   
   

   image.jpeg

作者使用XP-CLR score 鉴定受选择的区间，然后对生菜叶刺的有无进行全基因组装关联分析和BSA分析，在5号染色体末端鉴定到与性状高度关联的基因组区域，先前报道的QTL qSPN验证了文章结果，qSPN解释了叶刺存在的82%的表型变异。

2. 主要抗病基因簇中野莴苣基因渗入

   
   
   

   image.jpeg

生菜在生产期间会受到严重的病害威胁，其中以莴苣盘梗霉（Bremia lactucae）引起的霜霉病危害最大。抗病育种是作物改良的关键，因此，从栽培莴苣和野生莴苣中鉴定抗霜霉病基因座已成为研究的热点。文章中为了挖掘生菜基因组中抗病基因资源，作者对栽培生菜和野生莴苣进行比较基因组分析，发现在 1，2，4号染色体有着更多的野生莴苣基因慎入。

Note:图片均来自Whole-genome resequencing of 445 Lactucaaccessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

文章链接地址：https://www.nature.com/articles/s41588-021-00831-0