读研笔记（九）--批量代码总结

好使的方法就是能让你省时，省力，爽！

看着这滚动的屏，一个一个蹦出来，爽吗？

#!/bin/bash
start=`date +%s`
for file in `ls tot_*_sort_dss`;do
{
awk '{print $1"\t"$2}' $file > /data/amao/DSS/result/samplepos/$file.pos
echo 'success '$file;
}&
done
wait
end=`date +%s`
echo "TIME:`expr $end - $start`"

比如我要同时对3个样本进行fastqc，我可以写下面的shell脚本，同时批量进行：

ls *.sra

vi cmd2_sra2fq.sh

#!/bin/bash
fastq-dump EV1.sra & #&表示并行处理
fastq-dump EV2.sra &
fastq-dump EV3.sra &
wait
#利用多核优势，同时挂起，然后继续
fastqc EV1.sra &
fastqc EV2.sra &
fastqc EV3.sra &
wait

sh cmd2_sra2fq.sh