SV变异检测软件（2）-CREST的安装及简单使用

CREST安装

CREST是基于Split Read原理对SV结构变异进行检测的一个软件。
Github地址：https://github.com/youngmook/CREST
在运行CREST之前需要先安装以下几个软件及模块
1. BLAT
Blat，全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列
下载地址：https://hgwdev.gi.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc.zip

    wget https://hgwdev.gi.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc.zip
    Unzip blatSrc.zip && cd blatSrc
    uname -a
    ##查看Linux版本类型
    export MACHTYPE=x86_64
    mkdir ~/bin/x86_64
    make && make install
    export PATH=~/bin/x86_64 >> ~/.bashrc文件中
    source ~/.bashrc

安装前需要先自行安装libpng、zlib等库
libpng地址：http://www.libpng.org/pub/png/libpng.html（选择低版本的下载安装）
BLAT安装成功后在 ~/bin/x86_64目录下可以看到BLAT的套装软件如下：

1.png

2. Cap3
由Huang, X. 和 Madan, A 开发的一套用于序列拼接的软件,此软件适用于小的数据集或 EST 拼接,它有如下特征：
◾利用正反向进行拼接，更正拼接错误、连接 contigs。
◾应用 reads 的质量信息。
◾自动截去 reads5端、3端的低质量区。
◾产生 Consed 程序可读的 ace 格式。
◾ CAP3 能用于 Staden 软件包的中的 GAP4 软件。
下载地址：http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html
根据自己相应的操作系统选择相应的软件包下载解压即可使用
3. SAMtools
下载地址: http://sourceforge.net/projects/samtools/files/
选择较低版本的下载
4. BioPerl and Bio::DB::Sam 模块
Perl的模块可以用cpan自行安装即可

    cpanm Bio::Perl
    cpanm Bio::DB::Sam

CREST的运行

    extractSClip.pl -i sample. BAM --ref_genome ucsc.hg19.fasta -o outdir
    #这一步运行后会得到一个后缀为cover的文件
    CREST.pl -f outdir/sample. BAM .cover -d sample. BAM --ref_genome ucsc.hg19.fasta  -t ucsc.hg19.fasta.2bit --cap3 /path/to/cap3 --blatclient /path/to/gfClient --blat /path/to/blat -o outdir

** ucsc.hg19.fasta.2bit这个2bit后缀的文件使用第一步安装的BLAT下的faToTwobit转化得到**