2019-07-20

conda管理虚拟环境

命令

创建环境
conda create -n rna-seq sra-tools fastqc cutadapt trimmomatic star hisat2 samtools subread htseq
以上命令为创建名称为rna-seq的虚拟环境，并安装sra-tools等包。

查看环境
conda info -e 查看安装了哪些环境

激活环境
source activate rna-seq（rna-seq为环境名称，下同）

关闭环境
source deactivate rna-seq

删除环境
conda remove --name rna-seq --all
conda remove -n rna-seq -a
以上两个命令等价，双减号后面跟单词形式，单减号后面跟字符形式

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查看包
conda list
查看当前环境下已安装的包

conda list -n rna-seq
查看rna-seq环境已安装的包

安装包
conda install -n rna-seq fastqc
安装fastqc包到rna-seq环境，如果没有-n ran-seq，则安装到当前环境

升级包
conda update -n rna-seq fastqc
升级ran-seq中的fastqc包

删除包
conda remove -n rna-seq fastqc
删除ran-seq中的fastqc包

备注
以上命令为Linux操作系统