在拟南芥中转录rDNA的Pol I 是由14个蛋白亚基组成的，其中有12个蛋白亚基是和其他RNA polymerases共有的，有两个蛋白亚基为Pol I 特有。植物中Pol I 全酶可以和45S rDNA promoter(GP)特异结合并在体外起始转录，此外，和Pol I一起被提纯出来的CK2-like protein（CASEIN KINASE2）在哺乳动物中是可以提高rDNA的转录的，但在植物中还未可知。拟南芥的转录过程需要许多GTFs (general transcription factors)的辅助，其中 TFIIB-related protein（pBrp）就是植物中特有的Pol I辅助因子GTF,它不直接和rDNA的启动子结合，而是和拟南芥中的TATA 结合蛋白2以及rDNA promoter形成牢固的三价体，从而起始转录。在拟南芥中rRNA VAR1被鉴定是不被激活的NOR2特有的3‘ETS序列，通过检测VAR1的转录情况可以检测NOR2区45S rDNA的转录情况。Layat的实验中显示VAR1只在球形胚之前是表达的，在萌发后2-4天50%被沉默。
拟南芥中NOR2有很多候选的激活子和抑制子，其中抑制子（表现为缺失突变中VAR1被激活转录）包括：
1、NUC1和NUC2,这两者表现为拮抗作用，NUC1促进rDNA 的转录，NUC2则起到诱导或维持染色质上rDNA被抑制的状态。此外，NUC2的表达可以挽救nuc1中NUC1的缺失。
2、HDA6 (Histone deacetylase6)
3、SUVH5 (SU(VAR)3-9Homolog5)和SUVH6 和 ATXR5 (Arabidopsis Trithorax-related proteins 5)和ATXR6
4、FAS1(Fasciata 1)和FAS2
5、CDC48A（Cell Division Cycle48A）
6、MAS2 (Morphology of ago1-52 Suppressed2 )
7、ATRX (Alpha Thalassemia-mental Retardation X-linked)
8、RRP7(RNA Ribosomal Protein 7)或SMO4/Nop53（Small Organ4/Nucleolar Protein53）,是90S/SSU-processome(加工体)和60S preribosome 复合体的辅助蛋白。
其中1/4/7为组蛋白的伴侣蛋白，2/3为改变染色体构象或修饰的蛋白，5/6是在染色体组成中发挥作用的蛋白。
激活子（表现为突变体在胚胎时期也不能转录VAR1）：THALLO 又记为THAL，是Utp3的同系物，是一个90S/SSU-processome 复合体的辅助因子。
还有一些其他的调控因子与rDNA的功能性组成及表达相关，比如
1、RTEL1 (Regulator of Telomere Elongation Helicase 1),对45S rDNA重复系列的稳定性起到一定作用，RTEL1和RMI2 (RecQ-MEDIATED GENOME INSTABILITY PROTEIN2) 可以加速45S rDNA重复片段的丢失，这与fas突变体相似。
2、TOR(Target of Rapamycin )的超表达可以使45S rRNA转录本富集增多，在此基础上超表达RPS6(Ribosomal Protein Small Subunit 6)会抑制这个过程。
3、减少FKBP53（FK506 Binding Protein）基因的表达会导致45S rDNA的过度表达。
4、3xHMG-box1(High Mobility Group)蛋白可以通过其N末端结构域结合到45S rDNA基因座上。
拟南芥中关于核仁显性机制的研究也有一些，在转录抑制的rDNA 染色质上胞嘧啶被大量去甲基化，H3组蛋白被乙酰化并在Lys-4(H3K4)上被甲基化。在不被激活的rDNA染色质上，胞嘧啶被超甲基化，H3组蛋白Lys-9位置（H3K9）被甲基化。