关于spades的安装和使用

参考来源：https://chuansongme.com/n/2554157553033

spades这款de novo基因组组装软件， 适用于细菌/真菌等小型基因组的组装，不推荐用于动植物基因组的组装。该软件主要用于illumina，IonTorrent reads的组装，也可以进行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的组装。

一、 在虚拟机中的安装

二、介绍

metaSPAdes用于宏基因组数据的组装，

plasmidSPAdes用于组装叶绿体/线粒体基因组，

rnaSPAdes用于RNA-seq数据的组装，

truSPAdes用于treseq barcode序列的组装，

disSPAdes用于组装高杂合度的二倍体基因组。

三、SPAdes命令行选项

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spades.py [options] -o

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