生信星球学习小组第37期 day4 chen

Day4 R语言初上手 2020-2-17

思维导图——R语言初上手

1. 了解R和RStudio

1）什么是R?

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

简单来说，R是一门统计计算语言，是一套开源的数据分析解决方案。

2）什么是RStudio?

R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。

RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。

2. 安装R和Rstudio

step1: 查看你的电脑用户名是中文还是英文

比如任意打开电脑桌面一个文件查看其路径，Desktop的上一级（左边）就是用户名，如果是英文直接进行step 3

step 2: 将中文用户名更改为英文

切记：如果用户名是中文的，那就必须改为英文，否则无法安装Rstudio！

找到环境变量 ==》2. 修改TEMP和TMP两个 ==》3.重启电脑
具体见链接当Rstudio杠上中文用户名

step 3: 安装R和Rstudio

安装前说明

安装顺序：①R ②RStudio
R是RStudio的基础，必须先安装R，再安装RStudio。
即使只使用RStudio，还是需要事先为计算机安装好R。
RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具，因为它自身并不附带R程序。

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3. 初识RStudio

1）熟悉Rstudio的工作界面

来自生信星球

2）设置pakage（清华源）和外观（如字体大小和背景色）

来自企鹅号 - 果子学生信

来自企鹅号 - 果子学生信

4. R语言的基本操作

1）用Rproject管理工作目录

所谓工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和一个文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑，找不到。

查看这一篇，养成好习惯R-project管理多个R工作目录

2）显示文件列表

打命令时不跟路径会显示哪里？
—— 显示默认路径，也就是工作目录。
dir()或list.files()相当于linux的ls。

3）加减乘除

试试输入 3+4 回车
再试试 3-4, 3*4, 3/4, 3^4, sqrt(9), abs(-2), log2(8)

4）赋值

赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x，赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里
直接输入x 回车，就会把x的值（3）打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个，不用管他。

赋值

5）删除变量

rm(变量名) #清空某个变量
rm(list = ls()) #清空所有变量
代码可以复制，更推荐用键盘上q前面的那个tab键补齐。

6）列出历史命令

history() 相当于鼠标单击右上角的history标签
双击某个命令时，该命令就会跳到控制台的大于号后面了，可以修改后运行。

7）清空控制台

ctrl+l

4.完成第一个R做的图

plot()函数是R中基本的画x-y两个变量的函数，其用法如下为：plot(x, y, ...) （plot函数基础知识）
rnorm()函数产生一系列的随机数，随机数个数，均值和标准差都可以设定。
rnorm(50) #产生50个服从正态分布的随机数
rnorm(100,3,4) #产生100个均值是3，标准差为4的随机数
（rnorm函数）
runif()函数用于生成从0到1区间范围内的服从正态分布的随机数
试试输入plot(rnorm(50))

plot(rnorm(50))

尝试箱线图
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))

箱线图

注意：
1.【英文输入法下输入命令行中的符号】
2.【所有自己的重要文件请保持云备份的习惯：坚果云、iCloud云盘都是非常好的双向同步云。重要！】
3.【不清楚某个命令时可以输入 help(命令) 】

PS:

如果掌握以上内容可以继续学习 R for Data Science 的第一章，系统学习作图。对照原书看，百度 R for Data Science 第一个结果就是，免费。

References：R与RStudio的安装 (YUENFUNGDATA，) 和生信星球公众号