【UVa】760 DNA Sequencing

  1 #include<cstdio>

  2 #include<cstring>

  3 #define MAXN 660

  4 char s[MAXN];

  5 int wa[MAXN],wb[MAXN],wv[MAXN],ws[MAXN];

  6 int sa[MAXN],height[MAXN],rk[MAXN];

  7 inline bool cmp(int *r,int a,int b,int L)

  8 {

  9     return r[a]==r[b]&&r[a+L]==r[b+L];

 10 }

 11 void SA(int n,int m)

 12 {

 13     int i,j,p,*x=wa,*y=wb,*t;

 14     for(i=0;i<m;i++)

 15         ws[i]=0;

 16     for(i=0;i<n;i++)

 17         ws[x[i]=s[i]]++;

 18     for(i=1;i<m;i++)

 19         ws[i]+=ws[i-1];

 20     for(i=n-1;i>=0;i--)

 21         sa[--ws[x[i]]]=i;

 22     for(j=p=1;p<n;j<<=1,m=p)

 23     {

 24         for(p=0,i=n-j;i<n;i++)

 25             y[p++]=i;

 26         for(i=0;i<n;i++)

 27         {

 28             if(sa[i]>=j)

 29                 y[p++]=sa[i]-j;

 30         }

 31         for(i=0;i<m;i++)

 32             ws[i]=0;

 33         for(i=0;i<n;i++)

 34             ws[wv[i]=x[y[i]]]++;

 35         for(i=1;i<m;i++)

 36             ws[i]+=ws[i-1];

 37         for(i=n-1;i>=0;i--)

 38             sa[--ws[wv[i]]]=y[i];

 39         for(t=x,x=y,y=t,x[sa[0]]=0,p=i=1;i<n;i++)

 40             x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++;

 41     }

 42 }

 43 void Height(int n)

 44 {

 45     int i,j,k;

 46     for(i=1;i<=n;i++)

 47         rk[sa[i]]=i;

 48     for(i=k=0;i<n;height[rk[i++]]=k)

 49         for(k?k--:0,j=sa[rk[i]-1];s[i+k]==s[j+k];k++);

 50 }

 51 bool OK(int n,int len,int mid)

 52 {

 53     int i,j;

 54     for(i=1;i<=n;i++)

 55     {

 56         if(height[i]>=mid)

 57         {

 58             for(j=i;j<=n&&height[j]>=mid;j++)

 59             {

 60                 if(sa[j-1]<len&&sa[j]>len||sa[j-1]>len&&sa[j]<len)

 61                     return true;

 62             }

 63             i=j-1;

 64         }

 65     }

 66     return false;

 67 }

 68 int main()

 69 {

 70     int n,len,low,high,mid,i,j,k;

 71     bool first=true;

 72     while(~scanf(" %s",s))

 73     {

 74         if(first)

 75             first=false;

 76         else

 77             putchar('\n');

 78         len=strlen(s);

 79         s[len]='#';

 80         scanf(" %s",s+len+1);

 81         n=strlen(s);

 82         SA(n+1,'z'+1);

 83         Height(n);

 84         for(low=0,high=n;low<high;)

 85         {

 86             mid=(low+high)>>1;

 87             if(OK(n,len,mid))

 88                 low=mid+1;

 89             else

 90                 high=mid;

 91         }

 92         low--;

 93         if(low)

 94         {

 95             for(i=1;i<=n;i++)

 96             {

 97                 if(height[i]>=low)

 98                 {

 99                     for(j=i;j<=n&&height[j]>=low;j++);

100                     for(k=i;k<j;k++)

101                     {

102                         if(sa[k-1]<len&&sa[k]>len||sa[k-1]>len&&sa[k]<len)

103                             break;

104                     }

105                     if(k!=j)

106                     {

107                         for(k=sa[i];k<sa[i]+low;k++)

108                             putchar(s[k]);

109                         putchar('\n');

110                     }

111                     i=j-1;

112                 }

113             }

114         }

115         else

116             puts("No common sequence.");

117     }

118     return 0;

119 }