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最新TCGA数据下载与整理

以TCGA-BRCA下载为例

最先关联一下这哥们的总结，感觉挺到位。http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/317

本人尝试了用最原始的方法下载，速度稳定，下载也快，但需要整理的地方很多，首先是文件与样本id的匹配，再一个就是数据提取与标准化。最终整合到一个文件中。

如果用  简易TCGA下载工具V2  下载，会出现下载过程卡顿现象，但可以续点下载。

两种方法下载下来，都需要进行ENSG_ID转换。



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