FindVariableFeatures（高可变基因）和FindMarkers（差异表达基因）的区别

1 FindVariableFeatures()–特征选择:

高变异基因就是highly variable features（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的基因，Seurat使用FindVariableFeatures函数鉴定高可变基因，这些基因在不同细胞之间的表达量差异很大（在一些细胞中高表达，在另一些细胞中低表达）。默认情况下，会返回2,000个高可变基因用于下游的分析，如PCA等。
利用FindVariableFeatures函数，会计算一个mean-variance结果，也就是给出表达量均值和方差的关系并且得到top variable features,这一步的目的是鉴定出细胞与细胞之间表达量相差很大的基因，用于后续鉴定细胞类型。

2 FindMarkers()–寻找差异表达基因:
Seurat使用FindMarkers和FindAllMarkers函数进行差异表达基因的筛选

两篇很好的单细胞分析问答贴Confusion about FindMarkers(), FindVariableFeatures(),RunTSNE(), and RunUMAP() in seurat package：
https://www.biostars.org/p/406388/
https://www.jianshu.com/p/5a06ebfba7bd