新手安装Mac版FSL6.0心塞的成功经历

纯新手走过的FSL路，为后来者提供一点点有用的东西，希望能减少大家走弯路的时间。

1、我的mac系统：MacOS Mojave 10.14.6

     Mac版本FSL下载官网链接：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/MacOsX

     FSL官网mac版本的安装视频链接:   https://www.youtube.com/watch?v=LgRZLev1LRw（但是

     国内好像打开不了）

2、具体下载的步骤和安装，可参考博文《超小白用PANDA处理DTI数据的心酸历程笔记》以及以上安装视频链接。

3、详细的是说说作为新手安装所碰到的问题

①证书验证失败的问题：

     常规下载完fslinstaller.py、XQuartz之后，先安装好XQuartz。按照官网的要求需要通过Python2.7或2.6来运行fslinstaller.py就可以安装FSL了。Mac由于自带Python2.7，所以不需要再下载安装Python了（连这个博主都是后面才知道的）。找到并打开mac自带的终端（不知道终端在哪里的可以参考https://zh.wikihow.com/在Mac电脑上打开终端），直接输入以下命令

cd ~/downloads 

回车，再输入 

Python2 fslinstaller.py

原则上就可以开始下载安装了。但是博主在第一步就遇到问题，在输完以上两行命令之后，显示SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed (_ssl.c:727)证书验证失败，第一步就卡住了，如下图

  然后我去百度上搜了怎么处理这个证书验证失败的方法，感谢，最后是通过以下方法解决了：先输入以下两行命令，然后再开始cd ~/downloads和Python2 fslinstaller.py。

原文链接可供参阅：https://www.jb51.net/article/194807.htm 

至此，终于开始自动下载软件了。

② miniconda 环境安装不正确

     正当我按照视频方法一步步安装，在输入fsl之后，弹出了FSL软件界面的时候，博主以为成功了，后面发现其实并没有（爆哭）。在验证miniconda 环境安装，输入which imcp，并没有出现期待中的/usr/local/fsl/bin/imcp，而是imcp not found。输入fsleyes也是显示fsleyes：command not found。

      再次回到官网寻找解决途径，官网很贴心的给了这样一句：If the imcp command cannot be found, this suggests that the FSL miniconda environment was not installed correctly - see the section titled Commands missing after installation on the main FSL installation page.

      说明本次安装没有完全正确，点进FSL installation page的链接，里面给出了具体的解决方法。按照这两步来re-install。

然后经过Stage 1 100% 和 Stage 2 100%，一般都能顺利安装好（注意整个下载安装完可能需要好几个小时，其他博主有说过有梯子的话会快一些）。可是博主的电脑经过Stage 1 100% 和 Stage 2 100%后还是报错了

 查看log报错发现是md5sum mismatch，以下为log文件，拉倒最下面看到的部分内容，

       只能去官网forum（https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl）扒拉扒拉别人是什么解决的了。最终按照以下方法解决了，别问我这是什么？我也不懂啊!

chmod a+x /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
sudo rm -r /usr/local/fsl/fslpython
sudo /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  /usr/local/fsl

最终验证FSL按照成功！喜大普奔[庆祝][庆祝][庆祝]

文末需要特别感谢博文《超小白用PANDA处理DTI数据的心酸历程笔记》的作者长腿猴子请来的救兵，在此过程中的耐心答疑。