nnunet 训练分割

关于nnunet的安装后面会说，或参考其他博客，这里暂时只整理与训练相关的部分。

1、整理数据集

① nnUNet需要你把你要训练的数据做一个好好的整理，初学者请务必按照我的做法，等你熟练掌握以后再考虑新的姿势（有些文件夹的创建时多余的，但是你还是跟着我这样做最好）：

• 第一步：进入你之前创建的nnUNetFrame文件夹里面，创建一个名为DATASET的文件夹，现在你的nnUNetFrame文件夹下有两个文件夹，nnUNet是代码源，另一个DATASET就是我们接下来用来放数据的地方；
• 第二步：进入创建好的DATASET文件夹下面，创建下面三个文件夹

第二个用来存放原始的你要训练的数据，第一个用来存放原始数据预处理之后的数据，第三个用来存放训练的结果。

• 第三步：进入上面第二个文件夹nnUNet_raw，创建下面两个，右边为原始数据，左边为crop以后的数据。

• 第四步：进入右边文件夹nnUNet_raw_data，创建一个名为Task08_HepaticVessel的文件夹（解释：这个Task08_HepaticVessel是nnUNet的作者参加的一个十项全能竞赛的子任务名，你可以对这个任务的数字ID进行任意的命名，比如你要分割心脏，你可以起名为Task01_Heart，比如你要分割肾脏，你可以起名为Task02_Kidney，前提是必须按照这种格式）

• 第五步：将下载好的公开数据集或者自己的数据集放在上面创建好的任务文件夹下，下面还以作者参加的Task08_HepaticVessel竞赛为例，解释下数据应该怎么存放和编辑：

• A. 进入这个网站下载对应的数据集（<–网上学科议建<–），取代上面你自己创建的Task08_HepaticVessel文件夹。

• B. 你会发现目录是这个样子的：json文件是对三个文件夹内容的字典呈现（关乎你的训练），imagesTr是你的训练数据集，打开后你会发现很多的有序的nii.gz的训练文件，而labelsTr里时对应这个imagesTr的标签文件，同样为nii.gz。目前只能是nii.gz文件，nii文件都不行。训练阶段的imageTs文件夹先不管，其实这个文件夹出现在任何位置都可以。（解释：nnUNet使用的是五折交叉验证，并没有验证集）

2.设置nnUNet读取文件的路径

nnUNet是如何知道你的文件存放在哪儿呢，当然要在环境中创建一个路径，按照我的步骤，别做更改，因为到现在为止，你的路径和我的路径是一致的。
第一步：在home目录下按ctrl + h，显示隐藏文件；
第二步：找到.bashrc文件，打开（vim当然可以，但是毕竟教给我奶奶用的）；
第三步：在文档末尾添加下面三行，右上角保存文件，观察下面保存成功后关闭。

export nnUNet_raw_data_base="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_preprocessed"
export RESULTS_FOLDER="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_trained_models"

第四步：在home下打开终端，输入source .bashrc来更新该文档。
nnUNet已经知道怎么读取你的文件了。

参考：（四：2020.07.28）nnUNet最舒服的使用教程（让我的奶奶也会用nnUNet）

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