BrainNet viewer使用

BrainNet viewer使用经验

因为需要画一些静息态脑网络的三维图，师姐给我推荐了BrainNet viewer这个工具箱。首先就先去下载安装包，然后解压放到matlab的toolboox文件夹里，最后记得要在matlab里面set path添加到路径。

开始使用时在matlb里输入 BrainNet。这里要注意虽然这个软件名字叫brainnet viewer，但是一定要输入BrainNet，一旦你加了viewer就会报错。。。。

我用到的功能还是很简单的，就是画了一下某个网络的空间分布图。
首先弹出的是这个画面，证明你安装的没问题。
然后点左上角的file-load file去添加模板那些。主要是四个部分：

我只用到了第一个surface file和最后一个mapping file，这两个选项下载brainnetviewer的时候都给了一些实例或者说是可用的模板。点击浏览就可以去之前下载的文件夹里添加。
这里surface file 我选的是brainmesh_ICBM152.nv，然后接下来选择mapping file，也是点击浏览。这里就要分不同的情况，如果你已经知道你需要的ROI脑区的序号（可以用AAL模板去对照看一下，比如两侧角回是65，66）那么这里就选择AAL模板，也是brainnetviewer工具箱自带的，在文件见Data里面的ExampleFiles里，如下图。

选择好AAL模板后，这里就暂时完成了，就可以进行下一步了。中间的edge和node因为我没有用到，就没有去了解。点击OK之后就会弹出这样的一个窗口：

我用到的有layout，surface，volume这三个。layout就可以选择布局，single view就是单独一个角度，下面几个就是多个角度，可以自己点击试试。这里以之前的两侧角回（65，66）为例，layout我们先选singleview-segittal，surface里可以调节透明度，

我一般选0.5，这个也是自己设置的。
然后是volume里要选择自己已经选好的ROI。这里首先选择ROI drawing，然后记得把Draw all取消，custom这里就输入65，66，color选择颜色，一般是会有默认的颜色，也可以自己更改。设置如下图。
OK之后就会得到你想要的图了。

这是其中一种视角，也可以选择其他视角，看自己的需要。

另一种情况就是不用确定的ROI,用自己处理过的nii图，我这里以一个DMN的分布图为例。
在一开始选择mapping file就要选择想要得到其空间分布的那个nii图，选好之后其余没什么不同，就在volume这里不能选ROI drawing，选择volume to surface，这里的P value默认就是0.05，display可以选择postive&negtive，或者only positive和only negtive，就可以选择试试，看自己需要。

OK之后就可以得到它的空间分布啦。下图这个视角是lateral and medial view。

我目前只用到这些，其余的后面再学习。