论文写作笔记4 期刊选择-医学&计算机
本次有两个目标
1.整理人工智能和医学结合的好的期刊列表 选投哪个期刊
2.整理每个期刊主要发哪一类的文章, 审稿周期/平均录用进度(这个在梅斯医学可以查到, 就不标在此处了)
目录
如何选刊
相关期刊
相关会议
医学AI期刊汇总
如何选刊
医学期刊查找选刊参考:
SCI文章如何选刊（新手小白经验） - 知乎
(杂志名，影响因子，审稿时间，是否OA，杂志国家，出版社，相关文章标题，以及备注)
GeenMedical, 梅斯医学
首先，根据论文选题、同类题目的发表情况、文章学术水平和自己的发表需求，列期刊清单
其次，研读清单中的期刊，了解其文章风格、近期选题、学术影响力等，进一步缩小范围；
最后，再依据文章的学术水平、期刊的影响因子(IF)、发表周期等对期刊排序，选定目标期刊。
期刊的分区（包括中科院分区和 JCR 分区），影响因子, 期刊在本学科中影响力如何，是否为预警期刊，期刊的收稿范围和文章类型，期刊年发文量，期刊初审时间, 从投稿到接收时间，对国人是否友好（国人发表文章占比）以及网友经验评论
就期刊档次而言，3分以下的基本都差不多，国外的水平也比国内高不了多少，因此大家只要稍有自信，加上写作比较熟练的话，基本都能发个SCI。但是3分以上的文章就别想了，没有真水平，不好混。10分以上，那都是高水平的，能投的都是大牛级别。
参考文献中的期刊也是可以作为投稿的备选
选刊基本准则:
「选刊技巧」如何挑选目标期刊，这6点很重要！ - 知乎
期刊的发表周期
期刊的发表周期主要分为三部分，一是审稿周期，二是上线周期，三是检索周期。审稿周期指的是文章进入投稿环节后，经历审稿专家审稿及返修这一步骤所需要的时间；上线时间是论文确定录用之后到在线发表的时间。检索时间则是指文章见刊后被数据库收录的时间。有些期刊官网会标注出期刊的审稿周期和上线周期，作者也可以查看期刊发表的论文出版历史时间作为参考。
注意期刊风格:
投稿前必阅读刊物的“aim & scope”，以确定稿件是否真的符合刊物范围。然后注意刊物近年内IF趋势，判断其上升趋势、稳定状态、还是下降走势、甚至有无被除名的风险。
判断期刊是否对中国作者“友好”，过去几年发表的中国作者的paper数量/比例。虽然种种原因难以言说，但是浩瀚SCI期刊，毕竟都有自己的偏好。相较而言，在IF、审稿速度等不分伯仲时，投稿到发表过大量中国作者paper的期刊时，效果也许会更好。
慎重考虑审稿周期，假如五个月后刊物才给出一审结果--拒稿，岂不捶胸顿足，而审稿快的即使拒稿，也不会耽误太长时间，大不了重“投”再来，损失可控。
杂志不同风格不同：JBC要求数据详尽，论点可小但要做得深，不太强调创新。PNAS可谓Idea第一，创新性低难入它的法眼。
参考：https://www.zhihu.com/question/453319498/answer/1856080640
需要考虑的因素
（1）影响因子
影响因子是指：
某期刊前两年所发论文在第三年被引用的总次数与该期刊同期发表的可被引用的论文总数之比。
SCI每年发表上一年度的被SCI收录期刊的"期刊引证报告",在该报告中统计了许多评价期刊的统计指标，如总被引频次和影响因子，从而定量地评价某种科技期刊，影响因子只是其中的一个统计计量指标。
（2）出版费用
SCI论文刊登前，根据期刊的要求需要提交版面费。不同期刊版面费不同，SCI论文投稿前，应该适当考虑论文的出版费用，如果出版费用你不能接受，那可能需要考虑另一个期刊投稿。
（3）研究领域/期刊概况
投稿的目标期刊一定要与自己的研究领域密切相关。现实中很多人对目标期刊没有深入的了解，只是知道一个名字，一个名头，知道是什么领域的，但是对期刊具体发表哪种类型的文章并不了解，所以有时候投稿是牛头不对马嘴。
此外，了解期刊是综合期刊（例如Nature、Science等）还是专业期刊（例如PRL、Blood等）也很重要。专业期刊相对更容易接受本领域的文章。本专业有哪些期刊？如果有区分的话，各自又属于哪个区？期刊的刊载能力是不得不考虑的问题，尤其是一些影响因子处于连续上升的二级学科非主流期刊。这些期刊往往学术性要求不是很高很专，趣味广泛。
（4）科研推广力度
期刊的科研推广力度可能决定论文读者的范围广度，如果你想要自己的研究成果被多数人看到，那你可能要考虑期刊的推广力度与你的预期是否相符。
（5）期刊受众
目标期刊是针对哪些人群的，有的是针对决策者的，有的是针对临床的，有的是针对基础研究的，要选择目标期刊的受众与自己的期望读者一致的。
（6）声誉
声誉对学术期刊来说是至关重要的，声誉好的刊物能够吸引优秀的文章;刊登重要的文章又能进一步提高刊物的影响力，形成良性循环。反过来，那些声誉较差的刊物，由于标准低，吸收的是水平很低的文章，形成恶性循环。所以，论文投稿前，一定靠考虑期刊声誉的好坏。
（7）接受/拒稿率
拒稿率也是作者需要考虑的，如果一个期刊的拒稿率非常高，而且审稿的时间很长，那么与其一直等待而且结果未知，不如事先选择与自己更对口，更容易发表的期刊投稿。
（8）审稿周期
从期刊收到投稿到编辑发出第一封关于决定的回复的时间(接受，需修改，或者拒稿)。很多期刊会在网页介绍中列出审稿周期，这是给作者的一个参考，也是一种承诺。如果作者在已经过了审稿周期之后仍然没有得到任何回复，可以给编辑写信进行咨询。
原则上收稿量大的杂志，审稿较快，最快的2周左右，如BBRC，JBC等。审稿慢的多在三个月左右，当然也有更长的，一般超过三个月后，就可以催稿了，如果不催稿，有的长达6个月以上。
选刊辅助网站
参考:
干货| SCI投稿如何选择合适的期刊？六种实用选刊工具，总有一款适合你 - 知乎
JCR网站按分类自己筛选:
当完成一篇学术论文之后，投稿过程中是如何选择期刊的？ - 知乎
paper助手查期刊情况:
JAMA INTERN MED-paper助手网站【官网】
偏医学:
Journal/Author Name Estimator (JANE)
jane.biosemantics.org/
Elsevier’s Journal Finder, Springer Journal Suggester, Edanz Journal Selector, SJR
https://www.scimagojr.com/
丁香通SCI选刊助手, MedSci期刊选择智能支持系统
相关期刊
已知推荐期刊
AIME,
JAMIA: AI和medicine结合领域，医学信息学届最顶尖的杂志
期刊官网介绍可参考之前的笔记:
论文写作笔记1:医学跨计算机期刊介绍_lagoon_lala的博客-CSDN博客
jamanetwork
待搜索关键词:
张学工 AI+医学
生信/生物计算机
JAMIA SCI一区
参考文献查找可使用connectedpapers.com
能将与当前文献相关的其它文献用图的形式展示, 圈越大引用越高, 颜色越深, 年份越新
可查网站
投稿之前，请大家查一下“丁香园”，“小木虫”，“梅斯医学”等等，看看其他人有没有类似的经历，尽早避开。比如今天说到的期刊名，JMIR (Journal of medical international research)
生信好期刊参考:
如何看待2019年发布的中国计算机学会(CCF)推荐国际学术会议和期刊目录？ - 知乎
生信网站:
几个国外出名的跟生物信息学相关的会议 | 生信菜鸟团
投稿顺序参考:
生物信息学领域有哪些牛刊？ - 知乎
医学人工智能结合的方向科普:
https://www.zhihu.com/question/302790505/answer/2459053432\\
医学AI
AI + biomedical
UW CS的Sheng Wang老师:
Sheng Wang
判断或写出令人信服的医学AI论文，以下是一些值得注意的小技巧
判断医学AI论文水不水，从读懂ROC曲线开始 - 知乎
Do machines actually beat doctors? ROC curves and performance metrics – Lauren Oakden-Rayner
可参考论文
视网膜
Development and Validation of a Deep Learning Algorithm for Detection of Diabetic Retinopathy in Retinal Fundus Photographs | Diabetic Retinopathy | JAMA | JAMA Network
皮肤癌
https://www.nature.com/articles/nature21056
通用投稿技巧
SCI论文选刊、投稿、修回全指南 - 知乎
医学结果预测
① 结果预测（predict）：基于一些复杂数据的结果预测。例如，手术结局预测，死亡风险预测。以手术成败，死亡作为target，临床诊疗过程中的所有因素做为Feature。流程为① 环境搭建 ② 数据预处理 ③ 选择算法 ④ 算法训练 ⑤ 生成模型 ⑥ 模型测试（结果输出）。这其中“选择算法”可以选择多种算法，对不同算法的结果进行比较；结果预测一般涉及机器学习（machine learning），常用算法：eXtreme Gradient Boosting (XGBoost), Adaptive Boosting(AdaBoost), Decision Tree (DT), Support vector machines (SVM), Random Forest (RF), Gradient Boosting Decision Tree (GBDT)。“结果输出”的指标：precision，ROC，F1, recall。
（三）常见投稿期刊：
1、Ann Transl Med
2、Math Biosci Eng
3、 Sci Rep
| ## 可视化在验证集上的Roc曲线 pre_y = rfc1.predict_proba(X_val)[:, 1] fpr_Nb, tpr_Nb, _ = roc_curve(y_val, pre_y) aucval = auc(fpr_Nb, tpr_Nb) # 计算auc的取值 plt.figure(figsize=(10,8)) plt.plot([0, 1], [0, 1], 'k--') plt.plot(fpr_Nb, tpr_Nb,"r",linewidth = 3) plt.grid() plt.xlabel("假正率") plt.ylabel("真正率") plt.xlim(0, 1) plt.ylim(0, 1) plt.title("随机森林ROC曲线") plt.text(0.15,0.9,"AUC = "+str(round(aucval,4))) plt.show() |
医信交叉
方向的（更偏计算机），请问主流的医疗信息学期刊如JAMIA，TMI，Plos computational biology这些期刊都是CCF-B类
Statistics in Medicine JCR:Q4
生信(大多不含医学)
投稿顺序是：
1 NS 正刊
2 Nature 知名的老牌子刊 Methods / Genetics / Biotechnology / Medicine
3 Nature 新的两个子刊 Machine Intelligence / Computational Sciences
4 Nature Communications / PNAS / Science Advances
5 Genome Research / Genome Biology / Genome Medicine
6 Nucleic Acids Research
7 Bioinformatics / PLoS computational biology / GigaScience / AJHG / Briefings in bioinformatics
8 BMC 系列 genomics / bioinformatics / biology
9 投不动了，放bioRxiv
如果项目做了2-3年，肯定希望试验结果能上1-5里面的某一本期刊。如果项目做了一年左右就快速搞定，其实能中BMC系列也是很开心的。毕竟文章质量和杂志IF只是弱相关，最终文章质量还是要靠时间来检验的。如果能早点发表，早点开始新项目，肯定比抱着编辑+审稿人死磕要好。
利益相关：我只中过3 / 4 / 7 / 8 这几个档次的稿子。这里我只枚举了几个我稍微熟悉，经常读到的期刊，非常主观。肯定漏掉了很多，求见谅！另外，像Cell系列或是elife这种纯生信文章占比不大的期刊，我不是很了解，就没有列举。也没有列举ISMB/RECOMB这样的生物信息会议，或是ICML / Neurips 这样的机器学习会议
水平较高的期刊:
bioinformatics, briefings in bioinformatics, plos computational biology, jamia
高质量的可以考虑science advances nature communication
MICCAI跨医学影像计算(MIC)和计算机辅助介入 (CAI) 两个领域的综合性学术会议
BOSC-生物信息开放会议
坑期刊:
jmir(大数据和数据挖掘方面可投Journal of Medical Internet Research) JMIR的论文质量不是很好 SSCI
JMIR不要钱是OA的，jamia一年前的文章也不要钱，想看一年内的，申请amia会议即可
JMIR mHealth and uHealth。是SCI期刊
Medical Data Mining
Use of technology and health informatics
JOURNAL OF MEDICAL SYSTEMS
中科院分区：三区 IF:2.098
投稿周期大概三个月 录用比例：较容易
医学信息学里比较好中的期刊，编辑很负责，审稿人也会针对文章提出很有针对性的意见，，大修的话会给一个月的时间修改，按要求认真修改会很快接受的。
中科院的医学-信息分类
相关会议
生信的三个顶会ISMB, ECCB(European Conference on Computational Biology), RECOMB(International Conference on Research in Computational Molecular Biology)。ISMB和ECCB奇数年会合开，acceptance rate 20%左右，中稿直接会parallel publication在Bioinformatics上。RECOMB差不多也是这个ac rate，只不过其中1/5左右会去Cell Systems，剩下的保一个JCB （但是可以选择不发去转投别的期刊，一般也会这么做）
单从水平来看:
ISMB, ECCB和RECOMB三个顶会应该都是A啊（不过因为前两个得关系那么Bioinformatics J也要抬到A啊），然后么BCB和BIBM这俩算B差不多
B类:
BIBM, TCBB (在B类中相对好投, 比较水?)
BIBM也号称接受率20%，ismb和recomb每年国内也就能中一两篇
ISMB RECOMB(recomb和ismb国内太没话语权了，尤其是recomb。recomb一年三十几篇文章，CMU一个学校能中6、7篇)
Ismb recomb
还是数据挖掘机器学习的SDM CIKM一类
isbra giw bibm apbc难度系数都差不多
IPIM?国内的会议https://www.ais.cn/attendees/index/IMAA7J
附带加一下，生物医学信息学的著名会议
1）INCOB: International Conference on Bioinformatics
2) RECOMB: Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology
3) BICOB: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
4) AMIA: Annual American Medical Informatics Association Symposium
5) AMIA Joint Summits on Translational Science
6) ICIBM: International Conference on Intelligent Biology and Medicine
7) ISBRA: International Symposium on Bioinformatics Research and Applications
8) HISB: IEEE Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology 9）ISMB intelligent system for molecular biology (flag ship meeting of ISCB)
APBC：Asia Pacific Bioinformatics Conference
GIW：Genome Informatics Workshop
EMBC：IEEE International Conference of the Engineering in Medicine and Biology Society
C类:
ISBRA(在C类中相对好投?)
医学AI期刊汇总
| 名称 |
收稿方向/文章风格 |
IFoid |
期刊分区 |
| AIME |
基于人工智能的临床决策 |
7.011 |
CCF AI类C; |
| JAMIA |
疾病结果预测 |
7.942 |
CCF 综合B; |
| JAMA Network Open |
较广泛 |
13.3525 |
CCF / |
| Statistics in Medicine |
2.497 |
CCF / |
|
| BMC Medical Informatics and Decision Making |
3.298 |
CCF / |
|
| JMIR |
7.076 |
CCF / |
|
| JMIR mHealth and uHealth |
4.947 |
CCF / |
|
| JOURNAL OF MEDICAL SYSTEMS |
医学信息 |
4.92 |
CCF / |
| JBHI |
7.021 |
CCF 综合 C |
|
| JBI |
8 |
CCF 综合 C |
|
| COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE |
7.0271 |
CCF / |
|
| Digital Health |
医学实验偏多 |
4.6868 |
CCF / |
| INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL INFORMATICS |
4.73 |
CCF / |
|
| JMIR Medical Informatics |
3.228 |
CCF / |
会议
| 名称 |
期刊分区 |
| AMIA: Annual American Medical Informatics Association Symposium |
CCF 综合C |
| AMIA Joint Summits on Translational Science |
CCF / |
| ICIBM: International Conference on Intelligent Biology and Medicine |
CCF / |
| HISB: IEEE Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology |
CCF / |
| BCB |
CCF / |
| EMBC：IEEE International Conference of the Engineering in Medicine and Biology Society |
CCF / |