【聚类】ConsensusClusterPlus包

ConsensusClusterPlus包是R语言中实现consensus clustering的一种方法。

主要有三个步骤：1，准备输入数据；2，跑流程；3，generating consensus

• 1-输入数据

输入数据要求无特别，列为样本行为基因、标准化的表达矩阵。

值得注意的是，此包默认选择以median absolute deviation (MAD)衡量的top5000高变基因用于分析，以更好的聚类分群（这和单细胞很像）。选择多少基因和选择方法都是可以自己选择的，因为这步骤用的classical R statistics而非包中的集成化命令。

library(ALL)
data(ALL)
d=exprs(ALL)
d[1:5,1:5]

mads=apply(d,1,mad)
d=d[rev(order(mads))[1:5000],]
d = sweep(d,1, apply(d,1,median,na.rm=T))

• 2-聚类

几个重要参数：

pItem: percent of items (column) resampling

pFeature: pe