学习小组Day3笔记-yikedou

利用miniconda安装生信软件

bioconda.png

生信小白第3天-linux的App Store

一、下载miniconda

miniconda官网：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

也可以选择清华miniconda镜像

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

二、安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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按Enter键，想一行行继续，按Enter，想直接翻页，按空格键。

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出现了路径的配置，如果你有想安装的路径就输入你自己的
【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】
如果不想自定义那就默认吧，敲Enter继续。

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输入source ~/.bashrc来激活conda。

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用户名前出现（base），说明安装成功！

三、安装结束后的工作

• 测试：输入conda

  
  
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• 配置镜像文件

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

• 添加清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

#设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
#查看channels
conda config --get channels

#移除某个channels
conda config --remove channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

四、miniconda使用

• 检查已安装软件：输入conda list

  
  
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• 搜索conda软件，输入 conda search fastqc [以数据质控软件fastqc为例]

  
  
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• 安装软件，输入 conda install -c bioconda fastqc -y [-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes， -c 指定下载通道]

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以输入conda install -c bioconda fastqc=0.11.7 -y

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• 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境管理

• 查看环境
  conda info -e
  conda info --envs

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#创建环境
conda create -n QC python=3

#创建环境及安装软件一步完成
conda create -n QC python=3 fastqc  -y

#进入环境
conda activate QC

#删除环境
conda remove -n QC --all

#复制环境
conda create -n QC --clone QC_new

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附：conda 卸载
Q： 请问不想用了怎么卸得畅快轻松？
A ：首先 rm -rf ~/miniconda3
B: 环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存
[有个小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行]
C: 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

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