故事发生在台北的新公园，这个现在已更名为“二二八纪念公园”的地方，是当年社会人眼中绝对的禁忌之地，到了晚上却摇身变成台北同性恋群体的聚集场所，也是《孽子》中的主要描写对象：“我”李青、小玉、老鼠、吴敏等人唯一的、能够永远被接纳的窝巢。
阿青算是书中的第一主人公，因为在高中与人发生关系而被勒令退学，又被父亲逐出家门才流落到新公园里，但他的“运气”相比其他人确实又是好一些的，遇到了公园里传奇式的人物：王夔龙，十年前曾经与公园里的“野凤凰”一起导致了一场爱情悲剧的主人公，因而对他们的故事有了与公园其他人不一样的视角；后来因为房租交不够被赶出来时，又被傅老爷子收留，傅老的儿子曾是他自己心头的骄傲，却因为在军队中被发现同性行为而开枪自杀，自从那以后，傅老才开始一点点了解这个群体，多亏他后来的帮助，不然每次公园被警察署搜查逮捕的时候，阿青这一群人也不会早早就被放出来。
虽说如此，可如果单拎出来，阿青本身的命运却可以说是极差的了，母亲在几年前就跟着别人跑了，离开了这个家；最宠爱的弟娃因为肺炎医治无效几个月前也死去了，只剩下父亲，却无法相互理解，如今甚至到恩断义绝的地步，直到母亲去世，阿青找到她的骨灰带回家时，也是不敢与父亲打照面的，他赶在父亲下班前将坛子带回家里，留了张字条便离开了。
老鼠是个瘦小猥琐的形象，一嘴黄黄的牙垢，总改不了顺东西的习惯。他有个哥哥叫“乌鸦”，吃喝嫖赌一样不落，暴脾气，总把老鼠打的鼻青脸肿，而且旁着还跟了个妇人叫做“桃花”的，每当“老鼠”犯了事儿总免不了在一旁煽风点火，但即便如此，当大家劝他自己搬出来住的时候，“老鼠”却说自己已经住习惯了，无所谓的。大抵是在阴沟里已经生活惯了，想要使他脱离出来到正常的地方，他反而手足无措。
小玉则是“我们”四个里面最机灵伶俐的一个。他本是日本和中国的混血儿，那个爹回了日本之后就再也没有音讯，他只有从自己台湾娘那里得来的，那人的中国名字林正雄和日本名，却一直坚信自己能到日本找到他。
从那时候起，钓上华侨，是为了能到日本去，华侨有突发事件归国了，再搭上一个大副，也是早早就打好了小算盘：他们船上听说有到了日本之后跳船的，而且还留在那里做了厨师，我为什么不能？于是说干就干，小玉接着就报了厨师学校，虽然学成后的技巧最后真到了日本也没用着，但是这也是我在看完小说后颇为佩服小玉的一点：既然想要，就做好一百分的计划，所有的行动，只有一个朝向，那就是最后的目标：到日本去，找到林正雄，找到他。
于是最后他真的成功了，尽管日本有太多的“林正雄”等他去找，但他真的留在日本了，他在一家饭店做事，他说明年樱花开的时候他会穿这着和服在樱花树下照相给阿青他们寄回来看……这又是谁之前能料到的呢，一个社会最底层的同性恋，真的可以做到这些吗？
最温和的性格则是吴敏留下来的印象。原本被张先生带回家里，因为从没住过那么干净那么好的屋子，于是一点也不敢怠慢，天天尽心打扫，简直把自己当成一个保姆，豆瓣鲤鱼做了好几次终于得到了张先生的赞许，便开心地不得了。可是当张先生把他逐出后，得知又有新人住进了那间屋子，他却没有前去纠缠，只是安静地离开了。等到再后来，张先生生了病，新欢也离他而去时，吴敏却还是回到了张先生身边默默照顾他，只不过不再住到那间干净的屋子里了。
“我想开了，暂时还是这样好，张先生的脾气怪，他一时寂寞，要我回去，万一他要后悔起来，我就太难堪了。”被绝情伤过一次的人，总是不太敢再次轻易付出真心的了。
《孽子》与其说是一部同性恋小说，倒不如说是一部社会小说，借同性恋的处境与生活，反映了整个社会不敢示人的痛处。
全文几乎不见性行为的描述，大多一句暗示带过，读者便已知道“那种交易”是已经发生过的了，毕竟公园里的人基本都是被家里人赶出家门，再或者父母双亡、亲人本就靠黄赌毒生活的也大有人在，没有生活的一技之长，缺少对未来的希望、对整个社会不闻不管甚至绞杀的态度早已麻木，赚快钱似乎是一份看起来正常不过的“工作”。正如“我”刚进公园时遇到的严经理对我说的“小娃仔，你刚出道，还有救。快点做份正经事。你在公园里混，陷下去就要万劫不复了。”然而很多人早已出不来了。
看完全文，要说印象最深的描写，一定是那个在公园不知流传过多少遍、说给过多少人、又衍生出多少版本的“阿凤和龙子”的故事。
一个是公园里的一只野凤凰，真正的公园里的孩子，一个是官二代，本有着似锦的前程，可偏偏两个人的相遇，就像两颗相向而行无法改变轨迹的行星，相撞、摩擦出炽热的气流、最后也无法避免地背道而驰。
阿凤要不起龙子的一颗真心，可能是从小飘荡惯了，于是下意识地想要逃离。最后爱得发狂的龙子找到阿凤：“那么你把我的心还给我！”阿凤指着自己的胸口：“在这里，你拿去吧。”
龙子一柄匕首，正正刺进了阿凤的胸膛，他滚烫的鲜血喷得一地。
龙子抱住阿凤一身的血，直叫：“火！火！火！——”
池塘里的红莲很早就被人全都清理掉了，在我的记忆中，龙子后来对阿青说，他那天晚上看见阿凤的血，就像一团团燃烧的火落在池塘里。
后来他一直记得阿凤的眼睛，那双痛的在跳跃的眼睛。
其实若是再读过白先勇的其他文章，比如《台北人》，就会发现他对于眼睛的描写是十分具有个人特色的，尤其在其中的一章《游园惊梦》中。
钱夫人醉酒中回想起郑彦青来向自己敬酒时，“他喝的两颧鲜红，眼睛烧得像两团黑火”，“一双带白铜刺的长筒马靴乌光水滑的啪嗒一声靠在一起，眼皮都喝的泛起了桃花”；
蒋碧月与程参谋前来劝酒，“蒋碧月的一对眼睛像两丸黑水银在她醉红的脸上溜转着，程参谋那双细长的眼睛却眯成了一条缝，射出了逼人的锐光”……
尤其喜欢“眼睛烧得像两团黑火”，仿佛能看见那双眼睛的主人内心汹涌澎湃的欲望，比起“流转的水波”更让人觉得这对视的两人间有些欲说还休的紧张气氛，令人难以呼吸。
再回到《孽子》，公园的老园丁郭老说，“我们”是一群失去了巢窝的青春鸟，只有拼命往前飞，这是“我们”血里带来的野劲儿。
“我们”固然是这个社会的“孽子”，是父亲的“孽子”，然而我想，这些被社会放逐的青春鸟，对于自己却是诚实的，毕竟性取向对每个人都是意义重大的，它关系着你喜欢的人，你愿意共度余生的人是什么样的，而这每一项都关乎你自己的幸福。
虽然几十年前的社会环境对这群人来说是残酷的，比今天还要糟糕无数倍，但当他们做出选择，释放自己，面对自己，纵使前路坎坷，却不用夜夜再面对内心的拷问，那才是真正的自由的意义。