单细胞与空间联合分析-CARD简介-20220721

今天上午听了作者讲解CARD，基于去卷积方法进行空间与单细胞联合分析的软件，可以做：

1. 单细胞cluster与空间数据联合
2. 没有单细胞ref的数据，输入一个maker list也是可以使用该软件 进行空间与单细胞联合分析
3. 利用 低分辨率空间数据 得到高分辨率的结果
   作者真是太优秀了！！！

CARD简单介绍

• 简介：空间与单细胞 关联分析 基于反卷积

• 特点：

  • 考虑到空间位置 距离关系
  • 有card free选项
  • 低分辨率 推测高分辨率

• 例子：

  • 几种方法比较

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  • CARD去卷积 可视化（空间celltype与基因）

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    • 可以提取空间部分某种cluster做定量与定性

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  • CARD低分辨推测高分辨率

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    +
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  • CARD free：没有scRNA作为ref

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  • CARD：根据low分辨率得到 单细胞水平celltype

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  • CARD运行时间：比较快

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• 总结：

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• 空间与单细胞 放数据位置

  • sct
  • geo
  • 华大
  • sra

• refer 选取

  • 结合spatial了解，eg：组织类型相似，时期
  • 可以每种ref都测试，低ref到高ref